ソフトウェア 名称 分類 DENZOデータ削減 SCALEPACKデータスケーリング CNS精密化 CNS位相決定
精密化 構造決定の手法 : フーリエ合成開始モデル : PDB entry 1AK5解像度 : 1.95→19.98 Å / Rfactor Rfree error : 0.006 / Data cutoff high absF : 3876946.67 / Data cutoff low absF : 0 / Isotropic thermal model : RESTRAINED / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / σ(I) : 0 / 立体化学のターゲット値 : Engh & HuberRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.272 2294 5.1 % RANDOM Rwork 0.243 - - - all - 47157 - - obs - 44863 98.6 % -
溶媒の処理 溶媒モデル : FLAT MODEL / Bsol : 48.9276 Å2 / ksol : 0.39771 e/Å3 原子変位パラメータ Biso mean : 32.7 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 0 Å2 0 Å2 3- - - 0 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.29 Å 0.25 Å Luzzati d res low - 5 Å Luzzati sigma a 0.18 Å 0.15 Å
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.95→19.98 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 2709 0 47 193 2949
拘束条件 大きな表を表示 (4 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target X-RAY DIFFRACTION c_bond_d0.006 X-RAY DIFFRACTION c_bond_d_naX-RAY DIFFRACTION c_bond_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.2 X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_protX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d22.3 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d0.7 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_mcbond_it0.81 1.5 X-RAY DIFFRACTION c_mcangle_it1.44 2 X-RAY DIFFRACTION c_scbond_it1.06 2 X-RAY DIFFRACTION c_scangle_it1.7 2.5
LS精密化 シェル 解像度 : 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error : 0.016 / Total num. of bins used : 6 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.296 333 4.6 % Rwork 0.263 6852 - obs - - 96.7 %
Xplor file Refine-ID Serial no Param file Topol file X-RAY DIFFRACTION 1 PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION 2 PARAM.GNSOLIMP.TOPX-RAY DIFFRACTION 3 CIS_PEPTIDE.PARAMMPA.TOPX-RAY DIFFRACTION 4 MPA.PARK.TOPX-RAY DIFFRACTION 5 IMP.PARTOPH.GNSOL
精密化 *PLUS
最低解像度 : 50 Å溶媒の処理 *PLUS
原子変位パラメータ *PLUS
拘束条件 *PLUS
Refine-ID タイプ Dev ideal X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_deg22.2 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_deg0.7