PDB-1mbn: The stereochemistry of the protein myoglobin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1mbn

タイトル

The stereochemistry of the protein myoglobin

要素

MYOGLOBIN

ミオグロビン

キーワード

OXYGEN STORAGE

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrogen peroxide mediated signaling pathway /

oxygen carrier activity /

oxygen binding /

heme binding /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Physeter catodon (マッコウクジラ)

手法

X線回折 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Watson, H.C. / Kendrew, J.C.

引用

ジャーナル: Prog.Stereochem. / 年: 1969
タイトル: The Stereochemistry of the Protein Myoglobin
著者: Watson, H.C.

履歴

登録	1973年4月5日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1976年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月3日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年11月29日	Group: Derived calculations / Other カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1mbn.cif.gz	36.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1mbn.ent.gz	22.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1mbn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/1mbn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/1mbn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4mbn-d 1jp8-d 2zt0-d 2zst-d 1ebc-d 5b84-d 1hjt-d 1bz6-d 2blj-d 4fwx-d 1mlo-d 2zsp-d 1vxa-d 3m3a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (4) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (4) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (2) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (4)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (4)
#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (2)
#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: MYOGLOBIN

ヘテロ分子

17.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.500, 30.900, 34.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.00, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

Atom site foot note

1: COORDINATES MEASURED BUT HAVE SLIGHTLY HIGHER UNCERTAINTIES THAN THOSE OF OTHER ATOMS.
2: ATOMIC COORDINATES OBTAINED BY ASSUMING STANDARD RESIDUE CONFIGURATION.

#1: タンパク質	MYOGLOBIN / ミオグロビン分子量: 17234.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ) 参照: UniProt: P02185
#2: 化合物	ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド / Hydroxide 分子量: 17.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.21 %

-
データ収集

放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1

-
解析

精密化

最高解像度: 2 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1216	0	44	0	1260

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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