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万見
- PDB-1m6h: Human glutathione-dependent formaldehyde dehydrogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m6h
タイトルHuman glutathione-dependent formaldehyde dehydrogenase
要素Glutathione-dependent formaldehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / glutathione-dependent formaldehyde dehydrogenase class III alcohol dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


formaldehyde dehydrogenase activity / S-(ヒドロキシメチル)グルタチオンデヒドロゲナーゼ / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase (NADP+) activity / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase (NAD+) activity / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase (NAD(P)+) activity / fatty acid omega-oxidation / formaldehyde catabolic process / respiratory system process / response to nitrosative stress / Ethanol oxidation ...formaldehyde dehydrogenase activity / S-(ヒドロキシメチル)グルタチオンデヒドロゲナーゼ / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase (NADP+) activity / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase (NAD+) activity / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase (NAD(P)+) activity / fatty acid omega-oxidation / formaldehyde catabolic process / respiratory system process / response to nitrosative stress / Ethanol oxidation / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity, zinc-dependent / : / positive regulation of blood pressure / アルコールデヒドロゲナーゼ / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / response to redox state / retinoid metabolic process / fatty acid binding / response to lipopolysaccharide / electron transfer activity / ミトコンドリア / extracellular exosome / zinc ion binding / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase class III / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily ...Alcohol dehydrogenase class III / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / リン酸塩 / Alcohol dehydrogenase class-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Sanghani, P.C. / Robinson, H. / Bosron, W.F. / Hurley, T.D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Human glutathione-dependent formaldehyde dehydrogenase. Structures of apo, binary, and inhibitory ternary complexes.
著者: Sanghani, P.C. / Robinson, H. / Bosron, W.F. / Hurley, T.D.
履歴
登録2002年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione-dependent formaldehyde dehydrogenase
B: Glutathione-dependent formaldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,09713
ポリマ－79,2822
非ポリマー81511
水16,123895
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area28300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.620, 78.620, 309.659
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Glutathione-dependent formaldehyde dehydrogenase / E.C.1.1.1.1 / alcohol dehydrogenase class III chi chain / Alcohol dehydrogenase (class III) / chi polypeptide / ...alcohol dehydrogenase class III chi chain / Alcohol dehydrogenase (class III) / chi polypeptide / FDH / E.C.1.2.1.1


分子量: 39641.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Apoenzyme / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADH5 / プラスミド: pKK223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG-1
参照: UniProt: P11766, アルコールデヒドロゲナーゼ
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 895 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.22 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: PEG 8000, Potassium phosphate, Zinc chloride, Dithiotreitol, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / PH range low: 7.1 / PH range high: 6.9
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
115-20 mg/mlenzyme1drop
20.1 Mpotassium phosphate1reservoirpH6.9-7.1
30.100 mM1reservoirZnSO4
41 mMdithiothreitol1reservoir
512-15 %PEG80001reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 0.9790,1.2770,1.2833,1.2882
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2001年2月21日
ADSC QUANTUM 42CCD2001年3月9日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
21.2771
31.28331
41.28821
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 67142 / Num. obs: 64501 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 20.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 5783 / Rsym value: 0.462 / % possible all: 87.6
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 508528 / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.6 % / Rmerge(I) obs: 0.438

-
解析

ソフトウェア
名称分類
SOLVE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 3241 -RANDOM
Rwork0.185 ---
all0.187 64379 --
obs0.187 64379 96.1 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5544 0 31 895 6470
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.46
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
LS精密化 シェル解像度: 2→30 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 3241 -
Rwork0.185 --
obs-64379 96.1 %
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.187 / Rfactor Rfree: 0.218 / Rfactor Rwork: 0.185
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.7
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.218 / Rfactor Rwork: 0.185

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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