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万見
- PDB-1m51: PEPCK complex with a GTP-competitive inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m51
タイトルPEPCK complex with a GTP-competitive inhibitor
要素phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolicホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ
キーワードLYASE (リアーゼ) / gluconeogenesis (糖新生) / xanthine (キサンチン) / inhibitor (酵素阻害剤)
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to potassium ion starvation / protein serine kinase activity (using GTP as donor) / Abacavir metabolism / response to methionine / glycerol biosynthetic process from pyruvate / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ / ホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) activity / propionate catabolic process / cellular response to raffinose ...cellular response to potassium ion starvation / protein serine kinase activity (using GTP as donor) / Abacavir metabolism / response to methionine / glycerol biosynthetic process from pyruvate / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ / ホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) activity / propionate catabolic process / cellular response to raffinose / tricarboxylic acid metabolic process / regulation of lipid biosynthetic process / response to interleukin-6 / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / cellular response to fructose stimulus / cellular hypotonic salinity response / carboxylic acid binding / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / oxaloacetate metabolic process / hepatocyte differentiation / positive regulation of memory T cell differentiation / 糖新生 / cellular hyperosmotic salinity response / response to starvation / cellular response to glucagon stimulus / positive regulation of lipid biosynthetic process / cellular response to interleukin-1 / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / cellular response to retinoic acid / cellular response to cAMP / cellular response to dexamethasone stimulus / response to activity / 糖新生 / cellular response to glucose stimulus / response to insulin / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / cellular response to insulin stimulus / GDP binding / glucose metabolic process / glucose homeostasis / cellular response to tumor necrosis factor / manganese ion binding / cellular response to hypoxia / peptidyl-serine phosphorylation / response to lipopolysaccharide / GTP binding / magnesium ion binding / 小胞体 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, conserved site / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, N-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase N-terminal domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) signature. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 1 ...Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, conserved site / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, N-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase N-terminal domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) signature. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 1 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 1 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #20 / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, N-terminal / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Beta Complex / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / : / Chem-TSX / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP]
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / rigid-body refinement / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Foley, L.H. / Wang, P. / Dunten, P. / Wertheimer, S.J.
引用
ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2003
タイトル: X-ray Structures of two xanthine inhibitors bound to PEPCK and N-3 modifications of substituted 1,8-Dibenzylxanthines
著者: Foley, L.H. / Wang, P. / Dunten, P. / Ramsey, G. / Gubler, M.-L. / Wertheimer, S.J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure of Human Cytosolic Phosphoenolpyruvate Carboxykinase Reveals a New GTP-Binding Site
著者: Dunten, P. / Belunis, C. / Crowther, R. / Hollfelder, K. / Kammlott, U. / Levin, W. / Michel, H. / Ramsey, G.B. / Swain, A. / Weber, D. / Wertheimer, S.J.
履歴
登録2002年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1636
ポリマ－69,5301
非ポリマー6345
水3,297183
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.407, 61.067, 62.007
Angle α, β, γ (deg.)88.91, 70.21, 72.62
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic / ホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ / phosphoenolpyruvate carboxylase / PEPCK-C


分子量: 69529.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P35558, ホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ

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非ポリマー , 5種, 188分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-TSX / N-[4-(1-ALLYL-3-BUTYL-2,6-DIOXO-2,3,6,7-TETRAHYDRO-1H-PURIN-8-YLMETHYL)-PHENYL]-ACETAMIDE / 1-ALLYL-3-BUTYL-8-(N-ACETYL-4-AMINOBENZYL)-XANTHINE / 1-アリル-3-ブチル-8-[4-(アセチルアミノ)ベンジル]-1,2,3,6-テトラヒドロ-7H-プリン-2,6-ジ(以下略)


分子量: 395.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H25N5O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.34 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→30 Å / Num. obs: 26567 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 1.9 % / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 29.6
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 1.7 % / Rsym value: 0.06 / % possible all: 88.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.1.24精密化
精密化構造決定の手法: rigid-body refinement / 解像度: 2.25→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 5.998 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.396 / ESU R Free: 0.396
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23665 1331 5 %RANDOM
Rwork0.17794 ---
obs0.18087 25224 94.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.051 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6 Å20.37 Å2-0.03 Å2
2--0.43 Å2-0.53 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4720 0 42 183 4945
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0214880
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2371.966602
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.175600
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2696
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023717
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.22263
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.2281
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1980.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1880.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5851.53007
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1324836
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.82531873
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0074.51766
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.309 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.269 89
Rwork0.181 1694
obs-1783
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.181
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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