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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1loz | ||||||
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タイトル | AMYLOIDOGENIC VARIANT (I56T) VARIANT OF HUMAN LYSOZYME | ||||||
要素 | LYSOZYMEリゾチーム | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / ENZYME (酵素) / BETA-1 / 4-GLYCAN-HYDROLASES | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 antimicrobial humoral response / 抗微生物ペプチド / 代謝 / specific granule lumen / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium ...antimicrobial humoral response / 抗微生物ペプチド / 代謝 / specific granule lumen / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 炎症 / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Sunde, M. / Blake, C.C.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1997 タイトル: Instability, unfolding and aggregation of human lysozyme variants underlying amyloid fibrillogenesis. 著者: Booth, D.R. / Sunde, M. / Bellotti, V. / Robinson, C.V. / Hutchinson, W.L. / Fraser, P.E. / Hawkins, P.N. / Dobson, C.M. / Radford, S.E. / Blake, C.C. / Pepys, M.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1loz.cif.gz | 33.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1loz.ent.gz | 25.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1loz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/1loz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/1loz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14708.639 Da / 分子数: 1 / 変異: I56T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MUTANT HUMAN LYSOZYME / プラスミド: BACPAK8 (CLONTECH) / 遺伝子 (発現宿主): MUTANT HUMAN LYSOZYME 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P61626, リゾチーム |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4 詳細: THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.16M AMMONIUM SULFATE, 24% PEG 8000 BY VAPOR DIFFUSION., pH 4.0, vapor diffusion | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 / PH range low: 8 / PH range high: 7.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 288 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年2月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→15 Å / Num. obs: 10578 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Rsym value: 0.28 / % possible all: 87.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 49524 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 87.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1LZM 1lzm 解像度: 1.8→8 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 16.76 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.211 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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