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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lgc | |||||||||
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タイトル | INTERACTION OF A LEGUME LECTIN WITH THE N2 FRAGMENT OF HUMAN LACTOTRANSFERRIN OR WITH THE ISOLATED BIANTENNARY GLYCOPEPTIDE: ROLE OF THE FUCOSE MOIETY | |||||||||
要素 |
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キーワード | LECTIN (レクチン) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Lathyrus ochrus (マメ科) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Bourne, Y. / Cambillau, C. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1994 タイトル: Structures of a legume lectin complexed with the human lactotransferrin N2 fragment, and with an isolated biantennary glycopeptide: role of the fucose moiety. 著者: Bourne, Y. / Mazurier, J. / Legrand, D. / Rouge, P. / Montreuil, J. / Spik, G. / Cambillau, C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lgc.cif.gz | 156.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lgc.ent.gz | 129.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lgc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/1lgc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/1lgc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: ALA A 80 - ASP A 81 OMEGA = 359.01 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 2: ALA C 80 - ASP C 81 OMEGA = 1.25 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 3: ALA E 80 - ASP E 81 OMEGA = 0.80 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION |
-要素
-LEGUME ISOLECTIN II ... , 2種, 6分子 ACEBDF
#1: タンパク質 | 分子量: 19860.918 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lathyrus ochrus (マメ科) / 参照: UniProt: P04122 #3: タンパク質 | 分子量: 5931.460 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: UniProt: P12307 |
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-タンパク質・ペプチド , 1種, 3分子 HIJ
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 260.247 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 |
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-糖 , 2種, 3分子
#4: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[beta-D-galactopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[beta-D-galactopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#5: 多糖 |
-非ポリマー , 4種, 286分子
#6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-MPD / ( | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.2 % | |||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 24967 / % possible obs: 98 % / Num. measured all: 132152 / Rmerge(I) obs: 0.13 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.8→6 Å / Rfactor Rwork: 0.185 / Rfactor obs: 0.185 / σ(F): 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→6 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 18097 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |