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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lan | ||||||
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タイトル | LEUCINE AMINOPEPTIDASE COMPLEX WITH L-LEUCINAL | ||||||
要素 | LEUCINE AMINOPEPTIDASELeucyl aminopeptidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (ALPHA-AMINOACYLPEPTIDE) / AMINOPEPTIDASE / EXOPEPTIDASE (エキソペプチダーゼ) / METALLOPEPTIDASE (金属プロテアーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cysteinylglycine-S-conjugate dipeptidase / プロリルアミノペプチダーゼ / leucyl aminopeptidase / dipeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / carboxypeptidase activity / disordered domain specific binding / manganese ion binding / peptidase activity / ミトコンドリア ...cysteinylglycine-S-conjugate dipeptidase / プロリルアミノペプチダーゼ / leucyl aminopeptidase / dipeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / carboxypeptidase activity / disordered domain specific binding / manganese ion binding / peptidase activity / ミトコンドリア / タンパク質分解 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Straeter, N. / Lipscomb, W.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995 タイトル: Two-metal ion mechanism of bovine lens leucine aminopeptidase: active site solvent structure and binding mode of L-leucinal, a gem-diolate transition state analogue, by X-ray crystallography. 著者: Strater, N. / Lipscomb, W.N. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995 タイトル: Transition State Analogue L-Leucinephosphonic Acid Bound to Bovine Lens Leucine Aminopeptidase: X-Ray Structure at 1.65 Angstroms Resolution in a New Crystal Form 著者: Straeter, N. / Lipscomb, W.N. #2: ジャーナル: Adv.Enzymol.Relat.Areas Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Structure and Mechanism of Bovine Lens Leucine Aminopeptidase 著者: Kim, H. / Lipscomb, W.N. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Re-Refinement of the X-Ray Crystal Structure of Bovine Lens Leucine Aminopeptidase Complexed with Bestatin 著者: Kim, H. / Burley, S.K. / Lipscomb, W.N. #4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993 タイトル: Differentiation and Identification of the Two Catalytic Metal Binding Sites in Bovine Lens Leucine Aminopeptidase by X-Ray Crystallography 著者: Kim, H. / Lipscomb, W.N. #5: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993 タイトル: X-Ray Crystallographic Determination of the Structure of Bovine Lens Leucine Aminopeptidase Complexed with Amastatin: Formulation of a Catalytic Mechanism Featuring a Gem-Diolate Transition State 著者: Kim, H. / Lipscomb, W.N. #6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992 タイトル: Structure Determination and Refinement of Bovine Lens Leucine Aminopeptidase and its Complex with Bestatin 著者: Burley, S.K. / David, P.R. / Sweet, R.M. / Taylor, A. / Lipscomb, W.N. #7: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1991 タイトル: Leucine Aminopeptidase: Bestatin Inhibition and a Model for Enzyme-Catalyzed Peptide Hydrolysis 著者: Burley, S.K. / David, P.R. / Lipscomb, W.N. #8: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1990 タイトル: Molecular Structure of Leucine Aminopeptidase at 2.7 Angstroms Resolution 著者: Burley, S.K. / David, P.R. / Taylor, A. / Lipscomb, W.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lan.cif.gz | 114.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lan.ent.gz | 88.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lan.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/1lan ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/1lan | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 6||||||||||||||||||
単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 471 | ||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52668.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: LENS / 参照: UniProt: P00727, leucyl aminopeptidase | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-LEU / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.85 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.8 / 詳細: pH 7.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 123 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年6月6日 |
放射 | モノクロメーター: SUPPER DOUBLE MIRRORS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 44837 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Num. measured all: 160257 / Rmerge(I) obs: 0.07 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→7 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 16.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→7 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 2 Å |