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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kni | ||||||
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タイトル | Stabilizing Disulfide Bridge Mutant of T4 Lysozyme | ||||||
要素 | LYSOZYMEリゾチーム | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Glycosidase / Bacteriolytic enzyme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / Rigid body / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Jacobson, R.H. / Matsumura, M. / Faber, H.R. / Matthews, B.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1992 タイトル: Structure of a stabilizing disulfide bridge mutant that closes the active-site cleft of T4 lysozyme. 著者: Jacobson, R.H. / Matsumura, M. / Faber, H.R. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kni.cif.gz | 43.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kni.ent.gz | 33.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kni.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/1kni ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/1kni | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18632.441 Da / 分子数: 1 / 変異: T21C,T142C,C54T,C97A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00720, リゾチーム |
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
#3: 化合物 | ChemComp-BME / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.93 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | Ambient pressure: 101 kPa / 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: rotating-anode X-ray tube / タイプ: ELLIOTT GX-21 / 波長: 1.5418 Å / Target: Cu / Voltage: 40 kV |
検出器 | タイプ: OSCILLATION CAMERA / 検出器: photographic film / 日付: 1991年7月1日 / 詳細: Kodak No-Screen X-ray film |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray / 波長: 1.5418 Å |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.7 Å / Num. obs: 15778 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.071 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: Rigid body 開始モデル: WT* T4 lysozyme 最高解像度: 1.7 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: residues 163 and 164 are missing in the electron density.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.7 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / σ(F): 0 / Rfactor all: 0.176 | ||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: t_angle_deg / Dev ideal: 2.9 |