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- PDB-1kni: Stabilizing Disulfide Bridge Mutant of T4 Lysozyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kni
タイトルStabilizing Disulfide Bridge Mutant of T4 Lysozyme
要素LYSOZYMEリゾチーム
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Glycosidase / Bacteriolytic enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / リゾチーム / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-メルカプトエタノール / Endolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / Rigid body / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Jacobson, R.H. / Matsumura, M. / Faber, H.R. / Matthews, B.W.
引用ジャーナル: Protein Sci. / : 1992
タイトル: Structure of a stabilizing disulfide bridge mutant that closes the active-site cleft of T4 lysozyme.
著者: Jacobson, R.H. / Matsumura, M. / Faber, H.R. / Matthews, B.W.
履歴
登録2001年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42020年7月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Other / Refinement description
カテゴリ: cell / diffrn ...cell / diffrn / diffrn_detector / diffrn_radiation / diffrn_source / pdbx_database_status / pdbx_validate_symm_contact / software
Item: _cell.length_a / _cell.length_b ..._cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c / _diffrn.ambient_pressure / _diffrn.ambient_temp / _diffrn_detector.details / _diffrn_detector.detector / _diffrn_detector.type / _diffrn_radiation.monochromator / _diffrn_radiation.pdbx_wavelength_list / _diffrn_source.source / _diffrn_source.target / _diffrn_source.type / _diffrn_source.voltage / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _software.name
改定 1.52021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSOZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7463
ポリマ-18,6321
非ポリマー1142
1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.300, 62.300, 95.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 LYSOZYME / リゾチーム / LYSIS PROTEIN / MURAMIDASE / ENDOLYSIN


分子量: 18632.441 Da / 分子数: 1 / 変異: T21C,T142C,C54T,C97A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00720, リゾチーム
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル / 2-メルカプトエタノール


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6OS
#4: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.93 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
121.5 mg/mlprotein1drop
20.1 Msodium potassium phosphate1droppH6.6
30.55 M1dropNaCl
40.02 %1dropNaN3
51.9 MNa/KPO41reservoirpH7.1
60.24 M1reservoirNaCl
730-140 mMbeta-mercaptoethanol1reservoir

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データ収集

回折Ambient pressure: 101 kPa / 平均測定温度: 298 K
放射光源由来: rotating-anode X-ray tube / タイプ: ELLIOTT GX-21 / 波長: 1.5418 Å / Target: Cu / Voltage: 40 kV
検出器タイプ: OSCILLATION CAMERA / 検出器: photographic film / 日付: 1991年7月1日 / 詳細: Kodak No-Screen X-ray film
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray / 波長: 1.5418 Å
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 1.7 Å / Num. obs: 15778 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.071

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ROTAVATAデータ削減
TNT精密化
AGROVATA / ROTAVATA(AGROVATAデータスケーリング
AGROVATA / ROTAVATAデータスケーリング
TNT位相決定
精密化構造決定の手法: Rigid body
開始モデル: WT* T4 lysozyme

最高解像度: 1.7 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: residues 163 and 164 are missing in the electron density.
Rfactor反射数
all0.176 -
obs-15778
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1290 0 5 110 1405
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.9
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / σ(F): 0 / Rfactor all: 0.176
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: t_angle_deg / Dev ideal: 2.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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