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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1knd | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of 2,3-dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase Complexed with Catechol under Anaerobic Condition | ||||||
要素 | 2,3-DIHYDROXYBIPHENYL 1,2-DIOXYGENASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / dioxygenase / 2 / 3-dihydroxybiphenyl / catechol (カテコール) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ビフェニル-2,3-ジオール-1,2-ジオキシゲナーゼ / biphenyl-2,3-diol 1,2-dioxygenase activity / aromatic compound catabolic process / xenobiotic catabolic process / ferrous iron binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Burkholderia xenovorans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Han, S. / Bolin, J.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998 タイトル: Molecular basis for the stabilization and inhibition of 2, 3-dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase by t-butanol. 著者: Vaillancourt, F.H. / Han, S. / Fortin, P.D. / Bolin, J.T. / Eltis, L.D. #1: ジャーナル: Science / 年: 1995 タイトル: Crystal Structure of the Biphenyl-cleaving Extradiol Dioxygenase from a PCB-degrading Pseudomonad. 著者: Han, S. / Eltis, L.D. / Timmis, K.N. / Muchmore, S.W. / Bolin, J.T. #2: ジャーナル: Handbook of Metalloproteins / 年: 2001 タイトル: 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase. 著者: Bolin, J.T. / Eltis, L.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1knd.cif.gz | 74.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1knd.ent.gz | 53.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1knd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/1knd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/1knd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 8||||||||
単位格子 |
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詳細 | Biological assembly is homo-octamer generated by crystallographic symmetry |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32377.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans (バクテリア) 株: LB400 解説: HYPEREXPRESSED IN THE PARENT STRAIN (This organism has been reclassified. Prior publications may refer to this source as Pseudomonas sp. strain LB400.) 遺伝子: BPHC / プラスミド: PLEBD4 / 発現宿主: Burkholderia cepacia (バクテリア) 参照: UniProt: P47228, ビフェニル-2,3-ジオール-1,2-ジオキシゲナーゼ | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CAQ / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG4000, t-butanol, catechol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年11月23日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 32091 / Num. obs: 32091 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 44.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 2397 / Rsym value: 0.27 / % possible all: 73.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1HAN 解像度: 1.9→7 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: ALL FE-PROTEIN BOND DISTANCES WERE HARMONICALLY RESTRAINED TO AN EQUILIBRIUM DISTANCE OF 2.2 ANGSTROMS USING A WEAK FORCE CONSTANT OF 10 KCAL/(MOLE X ANGSTROM-SQUARED). BOND LENGTH, BOND ...詳細: ALL FE-PROTEIN BOND DISTANCES WERE HARMONICALLY RESTRAINED TO AN EQUILIBRIUM DISTANCE OF 2.2 ANGSTROMS USING A WEAK FORCE CONSTANT OF 10 KCAL/(MOLE X ANGSTROM-SQUARED). BOND LENGTH, BOND ANGLE, AND PLANARITY RESTRAINTS SIMILAR TO THOSE USED FOR AROMATIC SIDE CHAINS WERE APPLIED TO HET GROUP CAQ (CATECHOL). FE-CAQ AND FE-WATER BOND DISTANCES WERE NOT RESTRAINED. THE REFINED MODEL INCLUDES TWO MUTALLY EXCLUSIVE STRUCTURES IN THE VICINITY OF THE ACTIVE SITE. STRUCTURE ONE (labeled with alternate conformation marker A) INCLUDES THE SUBSTRATE CATECHOL (CAQ 301) AND WATERS 9001 and 9002 AT 50% OCCUPANCY. ATOMS O3 AND O4 OF CAQ 301 AND WATER 9001 ARE COORDINATED TO FE2 500. STRUCTURE TWO (labeled with alternate conformation marker B) INCLUDES ONE MOLECULE OF T-BUTANOL (TBU 600) AND WATERS 3001, 3012, AND 4014 AT 50% OCCUPANCY, AND IS EQUIVALENT TO THE SUBSTRATE-FREE STRUCTURE WHERE WATERS 3001 AND 3012 ARE COORDINATED TO FE2 500.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å
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