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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kna | ||||||
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タイトル | Chromo domain of HP1 complexed with histone H3 tail containing dimethyllysine 9. | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / chromo (クロモリトグラフ) / HP1 / histone (ヒストン) / dimethyllysine / methyllysine (メチルリシン) / H3 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein localization to euchromatin / positive regulation of FACT complex assembly / polytene chromosome chromocenter / polytene chromosome puff / Interleukin-7 signaling / Chromatin modifying enzymes / RCAF complex / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function ...protein localization to euchromatin / positive regulation of FACT complex assembly / polytene chromosome chromocenter / polytene chromosome puff / Interleukin-7 signaling / Chromatin modifying enzymes / RCAF complex / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / satellite DNA binding / positive regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / pericentric heterochromatin formation / chromocenter / 多糸染色体 / rDNA binding / condensed chromosome, centromeric region / regulation of protein localization to chromatin / RNA polymerase binding / nucleosomal DNA binding / RNA polymerase II C-terminal domain binding / chromosome, centromeric region / chromosome organization / ヘテロクロマチン / pericentric heterochromatin / heterochromatin formation / condensed chromosome / Hsp70 protein binding / methylated histone binding / telomere maintenance / ユークロマチン / nucleosome assembly / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / protein-macromolecule adaptor activity / mitotic cell cycle / 染色体 / chromatin organization / histone binding / chromosome, telomeric region / protein heterodimerization activity / negative regulation of gene expression / mRNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / クロマチン / protein-containing complex binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / 核質 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Jacobs, S.A. / Khorasanizadeh, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2002 タイトル: Structure of HP1 chromodomain bound to a lysine 9-methylated histone H3 tail. 著者: Jacobs, S.A. / Khorasanizadeh, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kna.cif.gz | 23.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kna.ent.gz | 17.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kna.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/1kna ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/1kna | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8586.468 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 23-76 / 変異: K38M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(De3)pLysS / 参照: UniProt: P05205 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1756.017 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 1-16 / 変異: P16Y / 由来タイプ: 合成 詳細: Synthetic peptide Corresponding to residues 1-16 of Histone H3. K9 dimethylated. P16Y mutation. 参照: UniProt: P02299 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.14 % | |||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: Ammonium Sulfate, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283.0K | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 10 ℃ / pH: 6.1 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 6032 / Num. obs: 6032 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 20.1 % / Biso Wilson estimate: 14.8 Å2 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 61.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Mean I/σ(I) obs: 10.5 / Num. unique all: 842 / Rsym value: 0.279 / % possible all: 99.3 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.079 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.3 % / Rmerge(I) obs: 0.279 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→28.63 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Data cutoff high rms absF: 117307.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 26.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.228 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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