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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kf1 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Structure and Packing of Human Telomeric DNA | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA (デオキシリボ核酸) / QUADRUPLEX DNA / DOUBLE CHAIN REVERSAL LOOP / HUMAN TELOMERE SEQUENCE / G(ANTI).G(ANTI).G(ANTI) / PARALLEL STRANDED | 機能・相同性 | : / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | データ登録者 | Parkinson, G.N. / Lee, M.P.H. / Neidle, S. | 引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2002 タイトル: Crystal structure of parallel quadruplexes from human telomeric DNA. 著者: Parkinson, G.N. / Lee, M.P. / Neidle, S. #1: ジャーナル: Patent / 年: 2002 タイトル: Crystal Structure of G-Quadruplex 著者: Parkinson, G.N. / Lee, M.P.H. / Neidle, S. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kf1.cif.gz | 23.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kf1.ent.gz | 15.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kf1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/1kf1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/1kf1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 6983.497 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 % | ||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 400, potassium iodide, potassium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K | ||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.901 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月31日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.901 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 4495 / Num. obs: 4304 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 50 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Mean I/σ(I) obs: 15 / Num. unique all: 440 / % possible all: 97.8 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 4595 / % possible obs: 98 % / Num. measured all: 50951 / Rmerge(I) obs: 0.052 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.8 % / Rmerge(I) obs: 0.117 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1K8P 解像度: 2.1→10 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 4 / 立体化学のターゲット値: parkinson et al.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.09 Å / Rfactor Rwork: 0.296 | ||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.235 / Rfactor obs: 0.226 / Rfactor Rfree: 0.262 / Rfactor Rwork: 0.226 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rwork: 0.296 |