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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k6y | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a Two-Domain Fragment of HIV-1 Integrase | ||||||
要素 | Integraseインテグラーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / HIV-1 / integrase (インテグラーゼ) / domain organization | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HIV-1 retropepsin / : / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / : / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA ...HIV-1 retropepsin / : / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / : / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / viral nucleocapsid / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / lipid binding / host cell nucleus / structural molecule activity / host cell plasma membrane / virion membrane / タンパク質分解 / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, J. / Ling, H. / Yang, W. / Craigie, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 2001 タイトル: Structure of a two-domain fragment of HIV-1 integrase: implications for domain organization in the intact protein. 著者: Wang, J.Y. / Ling, H. / Yang, W. / Craigie, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1k6y.cif.gz | 159.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1k6y.ent.gz | 127.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1k6y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/1k6y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/1k6y | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23319.490 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal and core domains (Residues 716-927) / 変異: F185K, W131D, F139D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q72498, UniProt: P12497*PLUS, 逆転写酵素 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-K / #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.99 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 詳細: 0.7 M NaH2PO4/1.0 K2HPO4, 0.1M Na acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 173 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 1.2827 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月8日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2827 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 59673 / Num. obs: 51553 / % possible obs: 86.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.44 Å / % possible all: 84.4 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 53869 / % possible obs: 90.1 % / Rmerge(I) obs: 0.084 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / % possible obs: 84.4 % / Rmerge(I) obs: 0.356 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / Rfactor Rfree: 0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 32.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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