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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k06 | ||||||
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タイトル | Crystallographic Binding Study of 100 mM N-benzoyl-N'-beta-D-glucopyranosyl urea to glycogen phosphorylase b | ||||||
要素 | Glycogen Phosphorylaseグリコーゲンホスホリラーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / glycogen phosphorylase (グリコーゲンホスホリラーゼ) / catalytic site (活性部位) / new allosteric site | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 グリコーゲンホスホリラーゼ / glycogen phosphorylase activity / linear malto-oligosaccharide phosphorylase activity / SHG alpha-glucan phosphorylase activity / glycogen catabolic process / skeletal muscle myofibril / pyridoxal phosphate binding / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Oikonomakos, N.G. / Kosmopoulou, M. / Zographos, S.E. / Leonidas, D.D. / Chrysina, E.D. / Somsak, L. / Nagy, V. / Praly, J.P. / Docsa, T. / Toth, B. / Gergely, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2002 タイトル: Binding of N-acetyl-N '-beta-D-glucopyranosyl urea and N-benzoyl-N '-beta-D-glucopyranosyl urea to glycogen phosphorylase b: kinetic and crystallographic studies. 著者: Oikonomakos, N.G. / Kosmopoulou, M. / Zographos, S.E. / Leonidas, D.D. / Chrysina, E.D. / Somsak, L. / Nagy, V. / Praly, J.P. / Docsa, T. / Toth, B. / Gergely, P. #1: ジャーナル: Structure / 年: 2000 タイトル: A New Allosteric Site in Glycogen Phosphorylase B as a Target for Drug Interactions 著者: Oikonomakos, N.G. / Skamnaki, V.T. / Tsitsanou, K.E. / Gavalas, N.G. / Johnson, L.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1k06.cif.gz | 181.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1k06.ent.gz | 142.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1k06.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/1k06 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/1k06 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 97291.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: muscle骨格筋 参照: UniProt: P00489, グリコーゲンホスホリラーゼ | ||||
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#2: 糖 | #3: 化合物 | ChemComp-PLP / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.44 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: small tubes / pH: 6.7 詳細: BES, EDTA, 100mM N-benzoyl-N'-beta-D-glucopyranosyl urea, pH 6.7, SMALL TUBES, temperature 287K |
結晶化 | *PLUS 詳細: Oikonomakos, N.G., (1985) Biochim. Biophys. Acta, 832, 248. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→27.84 Å / Num. all: 88811 / Num. obs: 88811 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 25.1 Å2 / Rsym value: 3.8 / Net I/σ(I): 15.63 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / Num. unique all: 4265 / Rsym value: 48.1 / % possible all: 95 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 668695 / Rmerge(I) obs: 0.038 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95 % / Rmerge(I) obs: 0.481 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 1HLF 解像度: 1.8→27.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 31.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→27.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR(ONLINE) / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.215 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 31.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.375 / % reflection Rfree: 5.1 % / Rfactor Rwork: 0.358 |