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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jm1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the soluble domain of the Rieske protein II (soxF) from Sulfolobus acidocaldarius | ||||||
要素 | Rieske iron-sulfur protein soxF | ||||||
キーワード | electron transport (電子伝達系) / oxidoreductase (酸化還元酵素) / Rieske iron-sulfur protein / respiratory chain (電子伝達系) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.11 Å | ||||||
データ登録者 | Boenisch, H. / Schmidt, C.L. / Schaefer, G. / Ladenstein, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002 タイトル: The structure of the soluble domain of an archaeal Rieske iron-sulfur protein at 1.1 A resolution. 著者: Bonisch, H. / Schmidt, C.L. / Schafer, G. / Ladenstein, R. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000 タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic analysis of Rieske iron-sulfur protein II (soxF) from Sulfolobus acidocaldarius 著者: Boenisch, H. / Schmidt, C.L. / Schaefer, G. / Ladenstein, R. #2: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1997 タイトル: Expression of the Sulfolobus acidocaldarius Rieske iron sulfur protein II (soxF) with the correctly inserted [2Fe-2S] cluster in Escherichia coli 著者: Schmidt, C.L. / Hatzfeld, O.M. / Petersen, A. / Link, T.A. / Schaefer, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jm1.cif.gz | 135 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jm1.ent.gz | 113.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jm1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/1jm1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/1jm1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21699.285 Da / 分子数: 1 / 断片: Soluble domain, C-terminal residues 47 - 250 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性) 遺伝子: SOXF / プラスミド: pET3A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q53766 |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-FES / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG 8000, magnesium acetate, sodium cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, at 293K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, Hamburg / ビームライン: BW7A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年10月29日 |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.11→20 Å / Num. all: 112015 / Num. obs: 109985 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 18.2 % / Biso Wilson estimate: 12.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 32.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.11→1.13 Å / Rmerge(I) obs: 0.275 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 4935 / % possible all: 73.6 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 69 Å / Num. obs: 112015 / Num. measured all: 2039387 / Rmerge(I) obs: 0.047 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 73.6 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.11→20 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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原子変位パラメータ | Biso mean: 19.64 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.11→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 69 Å | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |