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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1iub | ||||||
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タイトル | Fucose-specific lectin from Aleuria aurantia (Hg-derivative form) | ||||||
要素 | Fucose-specific lectin | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / Hg / MAD / Lectin (レクチン) / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics (構造ゲノミクス) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 reproductive fruiting body development / fucose binding / defense response to fungus / carbohydrate binding / protein homodimerization activity / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aleuria aurantia (ヒイロチャワンタケ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.31 Å | ||||||
データ登録者 | Fujihashi, M. / Peapus, D.H. / Kamiya, N. / Nagata, Y. / Miki, K. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003 タイトル: Crystal Structure of Fucose-Specific Lectin from Aleuria aurantia Binding Ligands at Three of Its Five Sugar Recognition Sites 著者: Fujihashi, M. / Peapus, D.H. / Kamiya, N. / Nagata, Y. / Miki, K. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003 タイトル: X-ray crystallographic characterization and phasing of a fucose-specific lectin from Aleuria aurantia 著者: Fujihashi, M. / Peapus, D.H. / Nakajima, E. / Yamada, T. / Saito, J.I. / Kita, A. / Higuchi, Y. / Sugawara, Y. / Ando, A. / Kamiya, N. / Nagata, Y. / Miki, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1iub.cif.gz | 73.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1iub.ent.gz | 55.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1iub.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/1iub ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/1iub | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 33425.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aleuria aurantia (ヒイロチャワンタケ) プラスミド: pKA-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18891 |
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#2: 糖 |
-非ポリマー , 4種, 119分子
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||||
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#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.15 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: potassium phosphate, sodium chloride, potassium chloride, ammonium sulfate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Fujihashi, M., (2003) Acta Crystallogr.,Sect.D, 59, 378. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.00901, 1.00394, 0.918326 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年7月1日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.31→40 Å / Num. all: 43457 / Num. obs: 43457 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 32.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 27.2 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.31→2.36 Å / Rmerge(I) obs: 0.29 / % possible all: 93 | ||||||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 200 Å | ||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93 % / Rmerge(I) obs: 0.29 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.31→35.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2231137.46 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.462 Å2 / ksol: 0.324721 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.31→35.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.31→2.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 40 Å / Num. reflection obs: 43442 / Rfactor Rwork: 0.161 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.241 / Rfactor Rwork: 0.212 |