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- PDB-1ig8: Crystal Structure of Yeast Hexokinase PII with the correct amino ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ig8
タイトルCrystal Structure of Yeast Hexokinase PII with the correct amino acid sequence
要素hexokinase PII
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / mixed alpha beta / two domains / cleft
機能・相同性
機能・相同性情報


fructose import across plasma membrane / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / regulation of transcription by glucose / hexokinase activity / 解糖系 / mannokinase activity / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity ...fructose import across plasma membrane / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / regulation of transcription by glucose / hexokinase activity / 解糖系 / mannokinase activity / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity / mannose metabolic process / glucose 6-phosphate metabolic process / glucose binding / fructose metabolic process / regulation of cell size / glucose import / intracellular glucose homeostasis / negative regulation of apoptotic signaling pathway / Neutrophil degranulation / ミトコンドリア / glycolytic process / glucose metabolic process / ミトコンドリア / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1250 / Hexokinase; domain 1 / Hexokinase; domain 1 - #20 / ヘキソキナーゼ / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / ヘキソキナーゼ / ヘキソキナーゼ / Hexokinase domain signature. ...Helix Hairpins - #1250 / Hexokinase; domain 1 / Hexokinase; domain 1 - #20 / ヘキソキナーゼ / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / ヘキソキナーゼ / ヘキソキナーゼ / Hexokinase domain signature. / Hexokinase domain profile. / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Helix Hairpins / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kuser, P.R. / Krauchenco, S. / Antunes, O.A. / Polikarpov, I.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: The high resolution crystal structure of yeast hexokinase PII with the correct primary sequence provides new insights into its mechanism of action.
著者: Kuser, P.R. / Krauchenco, S. / Antunes, O.A. / Polikarpov, I.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Crystallization and Preliminary Crystal Analysis of Yeast Hexokinase PI and PII
著者: Kuser, P.R. / Golubev, A.M. / Polikarpov, I.
履歴
登録2001年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hexokinase PII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0972
ポリマ－54,0011
非ポリマー961
水7,945441
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)142.809, 142.809, 58.462
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 hexokinase PII / HEXOKINASE B


分子量: 54001.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04807, ヘキソキナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 441 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.3-3.2M Ammonium sulphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.6-2.4 Mammonium sulfate1reservoir
2100 mMpotassium phosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.38 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年9月10日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.38 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→13 Å / Num. obs: 60395 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 2.12 % / Biso Wilson estimate: 23.13 Å2 / Rsym value: 0.113
反射 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 1.82 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Num. unique all: 1914 / % possible all: 96.6
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.113
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.6 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: P152K mutant of yeast hexokinase

解像度: 2.2→13 Å / SU B: 6.1415 / SU ML: 0.15315 / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.24781 / ESU R Free: 0.22644 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 1368 5 %Random
Rwork0.162 ---
all-53732 --
obs-30146 --
原子変位パラメータBiso mean: 23.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3671 0 5 441 4117
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0110.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0330.04
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0360.05

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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