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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1if0 | ||||||
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タイトル | PSEUDO-ATOMIC MODEL OF BACTERIOPHAGE HK97 PROCAPSID (PROHEAD II) | ||||||
要素 | PROTEIN (MAJOR CAPSID PROTEIN GP5) | ||||||
キーワード | VIRUS (ウイルス) / Bacteriophage (ファージ) / Capsid (カプシド) / cryoEM (低温電子顕微鏡法) / Pseudo-atomic model. / Icosahedral virus | ||||||
機能・相同性 | Phage capsid / Phage capsid family / viral procapsid maturation / T=7 icosahedral viral capsid / カプシド / identical protein binding / Major capsid protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage HK97 (ファージ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12 Å | ||||||
データ登録者 | Conway, J.F. / Wikoff, W.R. / Cheng, N. / Duda, R.L. / Hendrix, R.W. / Johnson, J.E. / Steven, A.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2001 タイトル: Virus maturation involving large subunit rotations and local refolding. 著者: J F Conway / W R Wikoff / N Cheng / R L Duda / R W Hendrix / J E Johnson / A C Steven / 要旨: Large-scale conformational changes transform viral precursors into infectious virions. The structure of bacteriophage HK97 capsid, Head-II, was recently solved by crystallography, revealing a ...Large-scale conformational changes transform viral precursors into infectious virions. The structure of bacteriophage HK97 capsid, Head-II, was recently solved by crystallography, revealing a catenated cross-linked topology. We have visualized its precursor, Prohead-II, by cryoelectron microscopy and modeled the conformational change by appropriately adapting Head-II. Rigid-body rotations ( approximately 40 degrees) cause switching to an entirely different set of interactions; in addition, two motifs undergo refolding. These changes stabilize the capsid by increasing the surface area buried at interfaces and bringing the cross-link-forming residues, initially approximately 40 angstroms apart, close together. The inner surface of Prohead-II is negatively charged, suggesting that the transition is triggered electrostatically by DNA packaging. #1: ジャーナル: Science / 年: 2000 タイトル: Topologically Linked Protein Rings in the Bacteriophage HK97 Capsid 著者: Wikoff, W.R. / Liljas, L. / Duda, R.L. / Tsuruta, H. / Hendrix, R.W. / Johnson, J.E. #2: ジャーナル: Science / 年: 1995 タイトル: Proteolytic and Conformational Control of Virus Capsid Maturation: The Bacteriophage HK97 System 著者: Conway, J.F. / Duda, R.L. / Cheng, N. / Hendrix, R.W. / Steven, A.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1if0.cif.gz | 62 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1if0.ent.gz | 37.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1if0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/1if0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/1if0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
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| x 5
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| x 6
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対称性 | 点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28279.750 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage HK97 (ファージ) 属: Lambda-like viruses / プラスミド: PT7-5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PT7-HD2.9B / 参照: UniProt: P49861 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: BACTERIOPHAGE HK97 PROCAPSID (PROHEAD II) / タイプ: VIRUS |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI/PHILIPS CM200FEG |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GENERIC FILM |
画像スキャン | Scanner model: ZEISS SCAI |
-解析
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2939 | ||||||||||||
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対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 12 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 981 詳細: IMAGE RECONSTRUCTION INCLUDING CONTRAST TRANSFER CORRECTION, WAS DONE AS DESCRIBED IN T.S.Baker & R.H.Cheng, J.Struct.Biol. 116, 120-130 (1996) and J.F.Conway & A.C.Steven, J.Struct.Biol. ...詳細: IMAGE RECONSTRUCTION INCLUDING CONTRAST TRANSFER CORRECTION, WAS DONE AS DESCRIBED IN T.S.Baker & R.H.Cheng, J.Struct.Biol. 116, 120-130 (1996) and J.F.Conway & A.C.Steven, J.Struct.Biol. 128, 106 (1999). Nine focal pairs were analyzed, yielding 2939 particles, of which 981 were included in the final map. This map was calculated to 12 Angstroms, its resolution as assessed by Fourier Ring Correlation (cutoff 2 sigma), as calculated between reprojections of two maps from half data sets. 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 12 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 12 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 12 Å | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |