+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1i83 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | BOVINE ENDOTHELIAL NITRIC OXIDE SYNTHASE HEME DOMAIN COMPLEXED WITH N1,N14-BIS((S-METHYL)ISOTHIOUREIDO)TETRADECANE (H4B FREE) | ||||||
要素 | NITRIC OXIDE SYNTHASE一酸化窒素合成酵素 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ALPHA-BETA FOLD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to laminar fluid shear stress / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric-oxide synthase activity / nitric oxide mediated signal transduction / arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / mitochondrion organization / negative regulation of blood pressure ...cellular response to laminar fluid shear stress / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric-oxide synthase activity / nitric oxide mediated signal transduction / arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / mitochondrion organization / negative regulation of blood pressure / nitric oxide biosynthetic process / response to hormone / カベオラ / 凝固・線溶系 / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / response to lipopolysaccharide / calmodulin binding / 細胞骨格 / heme binding / ゴルジ体 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Raman, C.S. / Li, H. / Martasek, P. / Babu, B.R. / Griffith, O.W. / Masters, B.S.S. / Poulos, T.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001 タイトル: Implications for isoform-selective inhibitor design derived from the binding mode of bulky isothioureas to the heme domain of endothelial nitric-oxide synthase. 著者: Raman, C.S. / Li, H. / Martasek, P. / Babu, B.R. / Griffith, O.W. / Masters, B.S. / Poulos, T.L. #1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1998 タイトル: Crystal Structure of Constitutive Endothelial Nitric Oxide Synthase: A Paradigm for Pterin Function Involving a Novel Metal Center 著者: Raman, C.S. / Li, H. / Martasek, P. / Kral, V. / Masters, B.S.S. / Poulos, T.L. #2: ジャーナル: Science / 年: 1998 タイトル: Structure of Nitric Oxide Synthase Oxygenase Dimer with Pterin and Substrate 著者: Crane, B.R. / Arvai, A.S. / Ghosh, D.K. / Wu, C. / Getzoff, E.D. / Stuehr, D.J. / Tainer, J.A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1i83.cif.gz | 187.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1i83.ent.gz | 154.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1i83.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/1i83 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/1i83 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 49814.090 Da / 分子数: 2 / 断片: HEME DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 細胞株: EPITHELIAL CELLS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29473, nitric-oxide synthase (NADPH) |
---|
-非ポリマー , 6種, 508分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ZN / | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.72 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG3350, cacodylate, MgSO4, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 280K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.5 詳細: Raman, C.S., (1998) Cell (Cambridge,Mass.), 95, 939. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 / 波長: 1.08 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年6月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 61326 / % possible obs: 89.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 27.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 84.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 243479 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.4 % |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2→44.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2455508.39 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: RESIDUES 39 TO 66 OF MOLECULE A AND RESIDUES 39 TO 68 IN MOLECULE B ARE NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY. RESIDUES 108-120 ARE DISORDERED, BUT THE TENTATIVE MODEL WAS INCLUDED IN THE REFINEMENT.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.6 Å2 / ksol: 0.371 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.4 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→44.08 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 10
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 43.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.382 / % reflection Rfree: 5.4 % / Rfactor Rwork: 0.368 |