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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1i5r | ||||||
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タイトル | TYPE 1 17-BETA HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE EM1745 COMPLEX | ||||||
要素 | TYPE 1 17 BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / DEHYDROGENASE (脱水素酵素) / 17BETA-HYDROXYSTEROID / HYBRID / INHIBITOR (酵素阻害剤) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 estradiol binding / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / estrogen biosynthetic process / testosterone dehydrogenase [NAD(P)] activity / cellular response to metal ion / Estrogen biosynthesis / dihydrotestosterone 17-beta-dehydrogenase activity / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / testosterone biosynthetic process ...estradiol binding / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / estrogen biosynthetic process / testosterone dehydrogenase [NAD(P)] activity / cellular response to metal ion / Estrogen biosynthesis / dihydrotestosterone 17-beta-dehydrogenase activity / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / testosterone biosynthetic process / testosterone 17-beta-dehydrogenase (NADP+) activity / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)] activity / steroid biosynthetic process / estrogen metabolic process / NADP+ binding / lysosome organization / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / small molecule binding / adipose tissue development / skeletal muscle tissue development / catalytic activity / steroid binding / 骨 / 遺伝子発現 / NADP binding / protein homodimerization activity / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Qiu, W. / Campbell, R.L. / Boivin, P. / Poirier, D. / Lin, S.-X. | ||||||
引用 | ジャーナル: FASEB J. / 年: 2002 タイトル: A concerted, rational design of type 1 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase inhibitors: estradiol-adenosine hybrids with high affinity 著者: Qiu, W. / Campbell, R.L. / Gangloff, A. / Dupuis, P. / Boivin, R.P. / Tremblay, M.R. / Poirier, D. / Lin, S.X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1i5r.cif.gz | 76.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1i5r.ent.gz | 54.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1i5r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/1i5r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/1i5r | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1bhsS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34887.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P14061, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-HYC / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.85 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG3500, GLYCEROL, SODIUM CHLORIDE, BETA-OCTYL GLUCOSIDE, DITHIOTHREITOL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.009 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年4月6日 / 詳細: parabolic collimating mirror |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.009 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→20 Å / Num. all: 155176 / Num. obs: 38831 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 15.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.031 / Net I/σ(I): 26.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / Num. unique all: 3327 / % possible all: 86.2 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 155176 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / % possible obs: 86.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 1BHS 解像度: 1.6→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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