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- PDB-1hya: HYALURONIC ACID, STRUCTURE OF A FULLY EXTENDED 3-FOLD HELICAL SOD... -

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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 1hya
タイトルHYALURONIC ACID, STRUCTURE OF A FULLY EXTENDED 3-FOLD HELICAL SODIUM SALT AND COMPARISON WITH THE LESS EXTENDED 4-FOLD HELICAL FORMS
構成要素
キーワードTEXTURE OF CONNECTIVE TISSUE
実験手法X線回折 / 3 Å 分解能
データ登録者Arnott, S.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / : 1975
タイトル: Hyaluronic acid: structure of a fully extended 3-fold helical sodium salt and comparison with the less extended 4-fold helical forms.
著者: Winter, W.T. / Smith, P.J. / Arnott, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / : 1978
タイトル: Lals, a Linked-Atom Least-Squares Reciprocal-Space Refinement System Incorporating Stereochemical Restraints to Supplement Sparse Diffraction Data
著者: Smith, P.J.C. / Arnott, S.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / : 1975
タイトル: Hyaluronic Acid, Molecular Conformations and Interactions in Two Sodium Salts
著者: Guss, J.M. / Hukins, D.W.L. / Smith, P.J.C. / Winter, W.T. / Arnott, S. / Moorhouse, R. / Rees, D.A.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 1977年11月20日 / 公開: 1978年5月17日
改定日付Data content typeGroupProviderタイプ
1.01978年5月17日Structure modelrepositoryInitial release
1.12008年3月3日Structure modelVersion format compliance
1.22011年7月13日Structure modelNon-polymer description / Version format compliance
1.32011年11月16日Structure modelAtomic model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,3159
ポリマ-0
非ポリマ-1,3159
21612
単位格子
γ
α
β
Length a, b, c (Å)11.700, 11.700, 28.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP 32 2 1
詳細THE SIX-RESIDUE CHAIN SEGMENT GIVEN HERE WAS GENERATED FROM THE PUBLISHED TWO-RESIDUE SEGMENT BY APPLICATION OF THE THREE-FOLD SCREW AXIS LOCATED AT (2/3, 1/3, Z). THE EQUIPOINTS (IN FRACTIONAL COORDINATES) WHICH WERE USED ARE (X, Y, Z), (Y-X+1, -X+1, Z+1/3), (-Y+1, X-Y, Z+2/3) .

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構成要素

#1: 化合物 ChemComp-GCU / D-GLUCURONIC ACID


分子量: 194.139 Da / 分子数: 3 / : C6H10O7 / グルクロン酸
#2: 化合物 ChemComp-NAG / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / : C8H15NO6 / N-アセチルグルコサミン
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / : Na / ナトリウム
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / : H2O /
非ポリマーの詳細THE GLUCURONIC ACID-GLUCOSAMINE LINKAGE IS BETA(1,3) AND THE GLUCOSAMINE-GLUCURONIC ACID LINKAGE IS BETA(1,4).

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実験情報

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実験

実験実験手法: X線回折

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試料調製

結晶化
*PLUS
実験手法: その他

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
LINKED-ATOMLEAST-SQUARES MODEL-BUILDING PROCEDURErefinement
LALSrefinement
最小二乗法精密化のプロセス最高分解能: 3 Å
精密化 #LAST最高分解能: 3 Å
置いた原子数 #LASTタンパク質: 0 / 核酸: 0 / リガンド: 81 / 溶媒: 12 / 合計: 93

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万見について

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お知らせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました

Omokage検索が速くなりました

  • データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
  • これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

関連情報: Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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