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- PDB-1hya: HYALURONIC ACID, STRUCTURE OF A FULLY EXTENDED 3-FOLD HELICAL SOD... -

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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 1hya
タイトルHYALURONIC ACID, STRUCTURE OF A FULLY EXTENDED 3-FOLD HELICAL SODIUM SALT AND COMPARISON WITH THE LESS EXTENDED 4-FOLD HELICAL FORMS
記述子HYALURONIC ACID (POLY D-GLUCURONIC ACID-N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE) SODIUM SALT
TRIGONAL FORM.
キーワードTEXTURE OF CONNECTIVE TISSUE
手法X線回折 (3 Å 分解能)
データ登録者Arnott, S.
引用J.Mol.Biol., 1975, 99, 219-235

primary. J.Mol.Biol., 1975, 99, 219-235 万見文献
Hyaluronic acid: structure of a fully extended 3-fold helical sodium salt and comparison with the less extended 4-fold helical forms.
Winter, W.T. / Smith, P.J. / Arnott, S.

#1. Acta Crystallogr.,Sect.A, 1978, 34, 3-
Lals, a Linked-Atom Least-Squares Reciprocal-Space Refinement System Incorporating Stereochemical Restraints to Supplement Sparse Diffraction Data
Smith, P.J.C. / Arnott, S.

#2. J.Mol.Biol., 1975, 95, 359-
Hyaluronic Acid, Molecular Conformations and Interactions in Two Sodium Salts
Guss, J.M. / Hukins, D.W.L. / Smith, P.J.C. / Winter, W.T. / Arnott, S. / Moorhouse, R. / Rees, D.A.

構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 1977年11月20日 / 公開: 1978年5月17日
改定日付Data content typeGroupProviderタイプ
1.01978年5月17日Structure modelrepositoryInitial release
1.12008年3月3日Structure modelVersion format compliance
1.22011年7月13日Structure modelNon-polymer description / Version format compliance
1.32011年11月16日Structure modelAtomic model

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ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,3159
ポリマ-0
非ポリマ-1,3159
21612
単位格子
γ
α
β
Length a, b, c (Å)11.700, 11.700, 28.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP 32 2 1
詳細THE SIX-RESIDUE CHAIN SEGMENT GIVEN HERE WAS GENERATED FROM THE PUBLISHED TWO-RESIDUE SEGMENT BY APPLICATION OF THE THREE-FOLD SCREW AXIS LOCATED AT (2/3, 1/3, Z). THE EQUIPOINTS (IN FRACTIONAL COORDINATES) WHICH WERE USED ARE (X, Y, Z), (Y-X+1, -X+1, Z+1/3), (-Y+1, X-Y, Z+2/3) .

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構成要素

#1: 化合物ChemComp-GCU / D-GLUCURONIC ACID


分子量: 194.139 Da / 分子数: 3 / : C6H10O7
#2: 化合物ChemComp-NAG / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / : C8H15NO6
#3: 化合物ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / : Na
#4: 水ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / : H2O
非ポリマーの詳細THE GLUCURONIC ACID-GLUCOSAMINE LINKAGE IS BETA(1,3) AND THE GLUCOSAMINE-GLUCURONIC ACID LINKAGE IS BETA(1,4).

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実験情報

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実験

実験手法: X-RAY DIFFRACTION

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試料調製

結晶化
*PLUS
Temp unit: K / 手法: other

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
LINKED-ATOMLEAST-SQUARES MODEL-BUILDING PROCEDURErefinement
LALSrefinement
最小二乗法精密化のプロセス最高分解能: 3 Å
精密化 #LAST最高分解能: 3 Å
置いた原子数 #LASTタンパク質: 0 / 核酸: 0 / リガンド: 81 / 溶媒: 12 / 合計: 93

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万見について

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お知らせ

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2017年10月4日: この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

  • Jacques Dubochet (University of Lausanne, Switzerland)は、電子顕微鏡試料の氷包埋法(いわゆるクライオ電顕法)を開発しました。EMDBやPDBにある電子顕微鏡のエントリの大多数がこの方法を利用しています。
  • Joachim Frank (Columbia University, New York, USA)は、単粒子解析法を開拓しました。EMDBとPDBの電子顕微鏡エントリの大多数がこの解析法によるものです。また、広く利用されている画像解析ソフトェア「Spider」の開発者でもあります。EM Navigatorでもマップデータの画像作成などにSpiderを利用しています。
  • Richard Henderson (MRC Laboratory of Molecular Biology, Cambridge, UK)は電子顕微鏡による生体分子の立体構造解析の始祖です。電子顕微鏡による最初のPDBエントリであるPDB-1brdは、彼によるものです。

外部リンク: The 2017 Nobel Prize in Chemistry - Press Release

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • 旧バージョンのすべての機能をこちらに移植する予定です
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: 万見 (旧版) / EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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