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- PDB-1hxh: COMAMONAS TESTOSTERONI 3BETA/17BETA HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hxh
タイトルCOMAMONAS TESTOSTERONI 3BETA/17BETA HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
要素3BETA/17BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / alpha-beta / Rossmann fold (ロスマンフォールド) / short-chain dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / testosterone dehydrogenase [NAD(P)] activity / dihydrotestosterone 17-beta-dehydrogenase activity / steroid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-beta-hydroxysteroid dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Comamonas testosteroni (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.22 Å
データ登録者Benach, J. / Filling, C. / Oppermann, U.C.T. / Roversi, P. / Bricogne, G. / Berndt, K.D. / Jornvall, H. / Ladenstein, R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Structure of Bacterial 3beta/17beta-Hydroxysteroid Dehydrogenase at 1.2 A Resolution: A Model for Multiple Steroid Recognition
著者: Benach, J. / Filling, C. / Oppermann, U.C.T. / Roversi, P. / Bricogne, G. / Berndt, K.D. / Jornvall, H. / Ladenstein, R.
履歴
登録2001年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3BETA/17BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
B: 3BETA/17BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
C: 3BETA/17BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
D: 3BETA/17BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,3914
ポリマ－107,3914
非ポリマー00
水22,6271256
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14980 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area36130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.024, 110.595, 115.143
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
3BETA/17BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE


分子量: 26847.855 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Comamonas testosteroni (バクテリア)
プラスミド: PET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3
参照: UniProt: P19871, 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.58 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% Ethanol, 250 mM NaCl, 50 mM Tris/HCl, 10 mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
17.9 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1droppH7.5
310 mMdithiothreitol1drop
410 %ethanol1reservoir
5250 mM1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8424 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8424 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.18→40 Å / Num. all: 1409412 / Num. obs: 1409412 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル解像度: 1.22→1.25 Å / Rmerge(I) obs: 0.383 / % possible all: 83.9
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å / Num. obs: 314581 / Num. measured all: 1409412
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.9 % / Mean I/σ(I) obs: 54.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
CNS精密化
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HSD

2hsd


解像度: 1.22→20 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: free / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.17
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18 1839 0.6 %random
Rwork0.146 ---
obs-301844 96.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.22→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7854 0 0 1256 9110
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d2.317
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
LS精密化 シェル解像度: 1.22→20 Å / Rfactor Rfree: 0.18 / Rfactor Rwork: 0.146
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.32
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_deg23.9
X-RAY DIFFRACTIONp_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_improper_angle_deg1.6
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.172 / Rfactor Rwork: 0.139

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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