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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1huq | ||||||
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タイトル | 1.8A CRYSTAL STRUCTURE OF THE MONOMERIC GTPASE RAB5C (MOUSE) | ||||||
要素 | RAB5C | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / G-protein (Gタンパク質) / GTP hydrolysis / endocytosis (エンドサイトーシス) / Rab protein (Rab) / membrane trafficking | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / plasma membrane to endosome transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / endosome organization / Clathrin-mediated endocytosis / regulation of endocytosis / endocytic vesicle / 細胞内膜系 / Neutrophil degranulation ...RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / plasma membrane to endosome transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / endosome organization / Clathrin-mediated endocytosis / regulation of endocytosis / endocytic vesicle / 細胞内膜系 / Neutrophil degranulation / lipid droplet / 低分子量GTPアーゼ / G protein activity / intracellular protein transport / synaptic vesicle membrane / エンドサイトーシス / GDP binding / メラノソーム / early endosome membrane / エンドソーム / GTPase activity / GTP binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Merithew, E. / Hatherly, S. / Dumas, J.J. / Lawe, D.C. / Heller-Harrison, R. / Lambright, D.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001 タイトル: Structural plasticity of an invariant hydrophobic triad in the switch regions of Rab GTPases is a determinant of effector recognition. 著者: Merithew, E. / Hatherly, S. / Dumas, J.J. / Lawe, D.C. / Heller-Harrison, R. / Lambright, D.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1huq.cif.gz | 52.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1huq.ent.gz | 35.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1huq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/1huq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/1huq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3rabS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18273.828 Da / 分子数: 1 / 断片: GTPASE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35278 |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-GNP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.54 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG-6000, sodium chloride, magnesium chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 35 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年8月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 14494 / Num. obs: 14494 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 15.5 Å2 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 20.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 1125 / Rsym value: 0.227 / % possible all: 94.9 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.054 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94.9 % / Rmerge(I) obs: 0.227 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3RAB 解像度: 1.8→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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