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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hqe | ||||||
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タイトル | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 | ||||||
要素 | (POL POLYPROTEIN) x 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HIV-1 retropepsin / : / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / : / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA ...HIV-1 retropepsin / : / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / : / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / viral nucleocapsid / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / lipid binding / host cell nucleus / structural molecule activity / host cell plasma membrane / virion membrane / タンパク質分解 / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Ding, J. / Hsiou, Y. / Arnold, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: The Lys103Asn mutation of HIV-1 RT: a novel mechanism of drug resistance. 著者: Hsiou, Y. / Ding, J. / Das, K. / Clark Jr., A.D. / Boyer, P.L. / Lewi, P. / Janssen, P.A. / Kleim, J.P. / Rosner, M. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #1: ジャーナル: Structure / 年: 1996 タイトル: Structure of Unliganded HIV-1 Reverse Transcriptase at 2.7 A Resolution: Implications of Conformational Changes for Polymerization and Inhibition Mechanisms 著者: Hsiou, Y. / Ding, J. / Das, K. / Clark Jr., A.D. / Hughes, S.H. / Arnold, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hqe.cif.gz | 204.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hqe.ent.gz | 163 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hqe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/1hqe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/1hqe | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64485.887 Da / 分子数: 1 / 断片: P66 SUBUNIT / 変異: K103N, C280S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 / 解説: HIV-1 CLONE 12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BH10 ISOLATE / 参照: UniProt: P03366, 逆転写酵素 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 50266.684 Da / 分子数: 1 / 断片: P51 SUBUNIT / 変異: K103N, C280S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 / 解説: HIV-1 CLONE 12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BH10 ISOLATE / 参照: UniProt: P03366, 逆転写酵素 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: Bis-Tris.propane, ammoniun sulfate, glycerol, PEG 8000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8 / 詳細: used microseeding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 108 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.91 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1997年1月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 37652 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 6.6 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 2.8 Å / % possible obs: 87.6 % / Rmerge(I) obs: 0.376 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1DLO 解像度: 2.7→25 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 64.8 Å2 | |||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→25 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 25 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 3.5 % / Rfactor obs: 0.25 / Rfactor Rwork: 0.25 | |||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 64.8 Å2 | |||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 2.8 Å / Rfactor Rfree: 0.385 / Rfactor obs: 0.359 |