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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hp1 | ||||||
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タイトル | 5'-NUCLEOTIDASE (OPEN FORM) COMPLEX WITH ATP | ||||||
要素 | 5'-NUCLEOTIDASE5'-ヌクレオチダーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / metallophosphatase / dinuclear / metalloenzyme (金属タンパク質) / domain movement | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UDP-sugar diphosphatase / UDP-sugar diphosphatase activity / nucleotide catabolic process / XMP 5'-nucleosidase activity / 5'-ヌクレオチダーゼ / 5'-nucleotidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / nucleotide binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Knoefel, T. / Straeter, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: Mechanism of hydrolysis of phosphate esters by the dimetal center of 5'-nucleotidase based on crystal structures. 著者: Knofel, T. / Strater, N. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: E. coli 5'-nucleotidase undergoes a hinge-bending domain rotation resembling a ball-and-socket motion 著者: Knoefel, T. / Straeter, N. #2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999 タイトル: X-RAY STRUCTURE OF THE ESCHERICHIA COLI PERIPLASMIC 5'-NUCLEOTIDASE CONTAINING A DIMETAL CATALYTIC SITE 著者: Knoefel, T. / Straeter, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hp1.cif.gz | 136 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hp1.ent.gz | 101 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hp1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/1hp1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/1hp1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 57244.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: USHA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DS956 参照: UniProt: P07024, 5'-ヌクレオチダーゼ, UDP-sugar diphosphatase |
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-非ポリマー , 5種, 746分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CO3 / | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-ATP / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.75 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: lithium sulfate, sodium acetate, cesium chloride, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Knofel, T., (2001) J.Mol.Biol., 309, 255. | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8468 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月26日 |
放射 | モノクロメーター: bent single-crystal germanium triangular monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8468 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 71863 / Num. obs: 71863 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 16.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 21.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.143 / % possible all: 92.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 287845 / Rmerge(I) obs: 0.044 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92.2 % / Rmerge(I) obs: 0.129 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1ush 解像度: 1.7→29.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2807117.45 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.48 Å2 / ksol: 0.3803 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.59 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 50 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.21 / Rfactor obs: 0.181 |