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- PDB-1hng: CRYSTAL STRUCTURE AT 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION OF A SOLUBLE FORM O... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hng
タイトルCRYSTAL STRUCTURE AT 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION OF A SOLUBLE FORM OF THE CELL ADHESION MOLECULE CD2
要素CD2
キーワードT LYMPHOCYTE ADHESION GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of interleukin-8 production / cytoplasmic side of plasma membrane / 細胞接着 / receptor tyrosine kinase binding / : / cell-cell junction / positive regulation of type II interferon production ...natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of interleukin-8 production / cytoplasmic side of plasma membrane / 細胞接着 / receptor tyrosine kinase binding / : / cell-cell junction / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of tumor necrosis factor production / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / protein kinase binding / ゴルジ体 / 細胞膜 / protein-containing complex / extracellular region / 核質 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
T-cell surface antigen CD2 / Immunoglobulin C2-set / Immunoglobulin C2-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell surface antigen CD2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus rattus (エジプトネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Jones, E.Y. / Davis, S.J. / Williams, A.F. / Harlos, K. / Stuart, D.I.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: Crystal structure at 2.8 A resolution of a soluble form of the cell adhesion molecule CD2.
著者: Jones, E.Y. / Davis, S.J. / Williams, A.F. / Harlos, K. / Stuart, D.I.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Ligand Binding by the Immunoglobulin Superfamily Recognition Molecule Cd2 is Glycosylation Independent
著者: Davis, S.J. / Davies, E.A. / Barclay, A.N. / Daenke, S. / Bodian, D.L. / Jones, E.Y. / Stuart, D.I. / Butters, T.D. / Dwek, R.A. / Van Der Merwe, P.A.
#2: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1993
タイトル: Expression of Soluble Recombinant Glycoproteins with Predefined Glycosylation: Application to the Crystallization of the T-Cell Glycoprotein Cd2
著者: Davis, S.J. / Puklavec, M.J. / Ashford, D.A. / Harlos, K. / Jones, E.Y. / Stuart, D.I. / Williams, A.F.
履歴
登録1994年8月10日-
改定 1.01995年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD2
B: CD2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2762
ポリマ－40,2762
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)111.400, 111.400, 86.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 CD2


分子量: 20138.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rattus rattus (エジプトネズミ)
器官: OVARY / 参照: UniProt: P08921
非ポリマーの詳細FOUR NAG (N-ACETYL GLUCOSAMINE) GROUPS AT ASN 67, 77, 84, AND 112 WERE NOT MODELED IN REFINEMENT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.24 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
117 mg/mlprotein1drop
225 mMTris1drop
3140 mM1dropNaCl

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 13432 / % possible obs: 96 %
反射
*PLUS
Num. measured all: 51452 / Rmerge(I) obs: 0.126

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.8→20 Å /
Rfactor反射数
Rwork0.215 -
obs0.215 13432
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2796 0 0 0 2796
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.215 / Rfactor Rwork: 0.215
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_bond_d / Dev ideal: 0.015

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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