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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gz4 | |||||||||
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タイトル | molecular mechanism of the regulation of human mitochondrial NAD(P)+-dependent malic enzyme by ATP and fumarate | |||||||||
要素 | NAD-DEPENDENT MALIC ENZYME | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ALLOSTERIC REGULATION (アロステリック効果) / ENERGY METABOLISM / KINETICS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 リンゴ酸デヒドロゲナーゼ (オキサロ酢酸脱炭酸) / regulation of NADP metabolic process / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NAD+) activity / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NADP+) activity / malic enzyme activity / oxaloacetate decarboxylase activity / Citric acid cycle (TCA cycle) / malate metabolic process / pyruvate metabolic process / NAD binding ...リンゴ酸デヒドロゲナーゼ (オキサロ酢酸脱炭酸) / regulation of NADP metabolic process / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NAD+) activity / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NADP+) activity / malic enzyme activity / oxaloacetate decarboxylase activity / Citric acid cycle (TCA cycle) / malate metabolic process / pyruvate metabolic process / NAD binding / electron transfer activity / ミトコンドリアマトリックス / intracellular membrane-bounded organelle / ミトコンドリア / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Yang, Z. / Lanks, C.W. / Tong, L. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2002 タイトル: Molecular Mechanism for the Regulation of Human Mitochondrial Nad(P)(+)-Dependent Malic Enzyme by ATP and Fumarate 著者: Yang, Z. / Lanks, C.W. / Tong, L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gz4.cif.gz | 452.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gz4.ent.gz | 370.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gz4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/1gz4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/1gz4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 62552.656 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / Organelle: MITOCHONDRIONミトコンドリア 参照: UniProt: P23368, リンゴ酸デヒドロゲナーゼ (オキサロ酢酸脱炭酸) (NADP+) |
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-非ポリマー , 5種, 592分子
#2: 化合物 | ChemComp-ATP / #3: 化合物 | ChemComp-TTN / #4: 化合物 | ChemComp-MN / #5: 化合物 | ChemComp-FUM / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.76 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: 10% PEG20K, PH6.0 MES, 5% MPD, pH 6.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 0.97 |
検出器 | 日付: 2000年6月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 123880 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 13.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.213 / Mean I/σ(I) obs: 10 / % possible all: 82 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 95 % / Num. measured all: 379495 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 82 % / Rmerge(I) obs: 0.21 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1DO8_D 解像度: 2.2→20 Å / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.3 Å2 / ksol: 0.44 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.21 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 50
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.242 / Rfactor Rwork: 0.206 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.271 / Rfactor Rwork: 0.244 |