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万見
- PDB-1gz3: Molecular mechanism for the regulation of human mitochondrial NAD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gz3
タイトルMolecular mechanism for the regulation of human mitochondrial NAD(P)+-dependent malic enzyme by ATP and fumarate
要素NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ALLOSTERIC REGULATION (アロステリック効果) / ENERGY METABOLISM / KINETICS
機能・相同性
機能・相同性情報


リンゴ酸デヒドロゲナーゼ (オキサロ酢酸脱炭酸) / regulation of NADP metabolic process / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NAD+) activity / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NADP+) activity / malic enzyme activity / oxaloacetate decarboxylase activity / Citric acid cycle (TCA cycle) / malate metabolic process / pyruvate metabolic process / NAD binding ...リンゴ酸デヒドロゲナーゼ (オキサロ酢酸脱炭酸) / regulation of NADP metabolic process / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NAD+) activity / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NADP+) activity / malic enzyme activity / oxaloacetate decarboxylase activity / Citric acid cycle (TCA cycle) / malate metabolic process / pyruvate metabolic process / NAD binding / electron transfer activity / ミトコンドリアマトリックス / intracellular membrane-bounded organelle / ミトコンドリア / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, conserved site / Malic enzymes signature. / Malic oxidoreductase / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD-binding / Malic enzyme, N-terminal domain superfamily / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD binding domain ...Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, conserved site / Malic enzymes signature. / Malic oxidoreductase / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD-binding / Malic enzyme, N-terminal domain superfamily / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / フマル酸 / : / シュウ酸塩 / NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Yang, Z. / Lanks, C.W. / Tong, L.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Molecular Mechanism for the Regulation of Human Mitochondrial Nad(P)+-Dependent Malic Enzyme by ATP and Fumarate
著者: Yang, Z. / Lanks, C.W. / Tong, L.
履歴
登録2002年5月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月23日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22018年9月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_name_com / entity_src_gen / entity_src_nat / struct_ref / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.page_last / _entity.pdbx_description ..._citation.page_last / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity_name_com.name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
B: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
C: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
D: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)251,70620
ポリマ－248,6424
非ポリマー3,06516
水20,8431157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22690 Å2
ΔGint-83.8 kcal/mol
Surface area76370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.815, 192.653, 110.161
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial / NAD-ME / Malic enzyme 2


分子量: 62160.414 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 20-573 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ME2 / Organelle: MITOCHONDRIONミトコンドリア / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P23368, リンゴ酸デヒドロゲナーゼ (オキサロ酢酸脱炭酸)

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非ポリマー , 5種, 1173分子

#2: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン / シュウ酸塩


分子量: 88.019 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2O4
#4: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物
ChemComp-FUM / FUMARIC ACID / 2-ブテン二酸 / フマル酸


分子量: 116.072 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 197 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 542 TO VAL ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 197 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 542 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 556 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 197 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 542 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 556 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ARG 197 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ARG 542 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ARG 556 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, ARG 197 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, ARG 542 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, ARG 556 TO GLN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.87 %
結晶化pH: 6 / 詳細: 9% PEG20K, PH 5.5 NA CITRATE, 5% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.979
検出器日付: 2001年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 250429 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 21.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.087 / Mean I/σ(I) obs: 11 / % possible all: 78

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
COMO位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DO8_D

解像度: 2.3→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 8984 7.5 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.194 119325 91 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.1 Å2 / ksol: 0.442 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.61 Å20 Å2-0.74 Å2
2---6.14 Å20 Å2
3---1.53 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17477 0 184 1157 18818
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.32 Å / Rfactor Rfree error: 0.2 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 156 8.1 %
Rwork0.213 1762 -
obs--72.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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