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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gpy | ||||||
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タイトル | CRYSTALLOGRAPHIC BINDING STUDIES ON THE ALLOSTERIC INHIBITOR GLUCOSE-6-PHOSPHATE TO T STATE GLYCOGEN PHOSPHORYLASE B | ||||||
要素 | GLYCOGEN PHOSPHORYLASE B | ||||||
キーワード | GLYCOGEN PHOSPHORYLASE (グリコーゲンホスホリラーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 グリコーゲンホスホリラーゼ / glycogen phosphorylase activity / linear malto-oligosaccharide phosphorylase activity / SHG alpha-glucan phosphorylase activity / glycogen catabolic process / skeletal muscle myofibril / pyridoxal phosphate binding / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Johnson, L.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Crystallographic binding studies on the allosteric inhibitor glucose-6-phosphate to T state glycogen phosphorylase b. 著者: Johnson, L.N. / Snape, P. / Martin, J.L. / Acharya, K.R. / Barford, D. / Oikonomakos, N.G. #1: ジャーナル: Glycogen Phosphorylase B: Description of the Protein Structure 年: 1991 タイトル: Glycogen Phosphorylase B: Description of the Protein Structure 著者: Acharya, K.R. / Stuart, D.I. / Varvill, K.M. / Johnson, L.N. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991 タイトル: Structural Mechanism for Glycogen Phosphorylase Control by Phosphorylation and AMP 著者: Barford, D. / Hu, S.-H. / Johnson, L.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gpy.cif.gz | 194.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gpy.ent.gz | 155 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gpy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/1gpy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/1gpy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUE 837 IS A CIS PROLINE. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 97291.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) 参照: UniProt: P00489, グリコーゲンホスホリラーゼ |
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#2: 糖 | ChemComp-G6P / |
#3: 化合物 | ChemComp-PLP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
非ポリマーの詳細 | PLP FORMS A SCHIFF'S BASE WITH NZ OF LYS 680. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.13 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6.7 / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / Num. obs: 35718 / % possible obs: 78.6 % / Num. measured all: 90321 / Rmerge(I) obs: 0.073 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.203 / Rfactor obs: 0.203 / 最高解像度: 2.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.4 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection all: 32624 / σ(F): 0 / Rfactor all: 0.203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 4 |