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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1glm | |||||||||
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タイトル | REFINED CRYSTAL STRUCTURES OF GLUCOAMYLASE FROM ASPERGILLUS AWAMORI VAR. X100 | |||||||||
要素 | GLUCOAMYLASE-471 | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucan 1,4-alpha-glucosidase / glucan 1,4-alpha-glucosidase activity / starch binding / polysaccharide catabolic process 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Aspergillus awamori (アワモリコウジカビ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Aleshin, A.E. / Hoffman, C. / Firsov, L.M. / Honzatko, R.B. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Refined crystal structures of glucoamylase from Aspergillus awamori var. X100. 著者: Aleshin, A.E. / Hoffman, C. / Firsov, L.M. / Honzatko, R.B. #1: ジャーナル: To be Published タイトル: Refined Structure for the Complex of Acarbose with Glucoamylase from Aspergillus Awamori Var. X100 to 2.4A Resolution 著者: Aleshin, A.E. / Firsov, L.M. / Honzatko, R.B. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993 タイトル: Refined Structure of the Complex of 1-Deoxynojirimycin with Glucoamylase from Aspergillus Awamori Var. X100 to 2.4 Angstroms Resolution 著者: Harris, E.M.S. / Aleshin, A.E. / Firsov, L.M. / Honzatko, R.B. #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992 タイトル: Crystal Structure of Glucoamylase from Aspergillus Awamori Var. X100 著者: Aleshin, A.E. / Golubev, A. / Firsov, L.M. / Honzatko, R.B. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1glm.cif.gz | 117.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1glm.ent.gz | 92.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1glm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/1glm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/1glm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: GLY 23 - ALA 24 OMEGA = 1.53 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 2: CIS PROLINE - PRO 46 / 3: CIS PROLINE - PRO 123 4: RESIDUES ASN 171 AND ASN 395 ARE SITES OF N-GLYCOSYLATION. 5: RESIDUES SER 443, SER 444, THR 452, SER 453, SER 455, THR 457, SER 459, SER 460, THR 462, AND THR 464 ARE SITES OF O-GLYCOSYLATION. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50450.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aspergillus awamori (アワモリコウジカビ) 参照: UniProt: P69327, glucan 1,4-alpha-glucosidase | ||||
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#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||
#3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||
#4: 糖 | ChemComp-MAN / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | RESIDUE NUMBER 102 IS SKIPPED SO THAT THE NUMBERING OF THE RESIDUES IS CONSISTENT WITH GLUCOAMYLASE ...RESIDUE NUMBER 102 IS SKIPPED SO THAT THE NUMBERING OF THE RESIDUES IS CONSISTENT | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.06 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 5.95 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / Num. all: 24005 / Num. obs: 20905 / Num. measured all: 57478 / Rmerge(I) obs: 0.035 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.4→10 Å / σ(F): 1 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.122 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |