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- PDB-1gaq: CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN FERREDOXIN AND FERREDOXI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gaq
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN FERREDOXIN AND FERREDOXIN-NADP+ REDUCTASE
要素
  • FERREDOXIN Iフェレドキシン
  • FERREDOXIN-NADP+ REDUCTASEフェレドキシン-NADP+レダクターゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE/ELECTRON TRANSPORT / OXIDOREDUCTASE-ELECTRON TRANSPORT complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast thylakoid membrane protein complex / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, heme protein as acceptor / フェレドキシン-NADP+レダクターゼ / NADPH dehydrogenase activity / ferredoxin-NADP+ reductase activity / 葉緑体 / 電子伝達系 / response to light stimulus / 光合成 / 葉緑体 ...chloroplast thylakoid membrane protein complex / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, heme protein as acceptor / フェレドキシン-NADP+レダクターゼ / NADPH dehydrogenase activity / ferredoxin-NADP+ reductase activity / 葉緑体 / 電子伝達系 / response to light stimulus / 光合成 / 葉緑体 / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin--NADP reductase, plant and Cyanobacteria type / Ferredoxin--NADP reductase / Ferredoxin [2Fe-2S], plant / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain ...Ferredoxin--NADP reductase, plant and Cyanobacteria type / Ferredoxin--NADP reductase / Ferredoxin [2Fe-2S], plant / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain / Translation factors / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Βバレル / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンアデニンジヌクレオチド / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Ferredoxin-1, chloroplastic / Ferredoxin--NADP reductase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Kurisu, G. / Kusunoki, M. / Hase, T.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Structure of the electron transfer complex between ferredoxin and ferredoxin-NADP(+) reductase.
著者: Kurisu, G. / Kusunoki, M. / Katoh, E. / Yamazaki, T. / Teshima, K. / Onda, Y. / Kimata-Ariga, Y. / Hase, T.
履歴
登録2000年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FERREDOXIN-NADP+ REDUCTASE
B: FERREDOXIN I
C: FERREDOXIN-NADP+ REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,9866
ポリマ－81,2393
非ポリマー1,7473
水2,396133
1
A: FERREDOXIN-NADP+ REDUCTASE
B: FERREDOXIN I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8404
ポリマ－45,8792
非ポリマー9612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: FERREDOXIN-NADP+ REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1462
ポリマ－35,3601
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.070, 93.410, 135.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 FERREDOXIN-NADP+ REDUCTASE / フェレドキシン-NADP+レダクターゼ / FNR


分子量: 35360.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / プラスミド: PQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9SLP6, フェレドキシン-NADP+レダクターゼ
#2: タンパク質 FERREDOXIN I / フェレドキシン / FD


分子量: 10518.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27787
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.71 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4000, Tris, sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
140 mg/mlprotein1drop
220 %(w/v)PEG40001reservoir
3100 mM1reservoirNaCl
450 mMTris-HCl1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射Biso Wilson estimate: 33.9 Å2
反射 シェル解像度: 2.68→2.85 Å
反射
*PLUS
最高解像度: 2.59 Å / Num. obs: 23300 / % possible obs: 97.8 % / Num. measured all: 319768 / Rmerge(I) obs: 0.098
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.59 Å / 最低解像度: 2.68 Å / % possible obs: 96.6 % / Rmerge(I) obs: 0.255

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化解像度: 2.59→39.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1246520.54 / Data cutoff high rms absF: 3042258.78 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.297 1152 5.1 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs-22761 97.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 30.4663 Å2 / ksol: 0.299211 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.4 Å20 Å20 Å2
2--4.23 Å20 Å2
3---0.17 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→39.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5442 0 110 133 5685
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.361.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.312
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.812
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.592.5
LS精密化 シェル解像度: 2.59→2.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 181 4.9 %
Rwork0.318 3482 -
obs--96.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5.1 % / Rfactor obs: 0.233
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 47.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.4 / % reflection Rfree: 4.9 % / Rfactor Rwork: 0.318

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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