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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g8k | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF ARSENITE OXIDASE FROM ALCALIGENES FAECALIS | ||||||
要素 | (ARSENITE OXIDASE) x 2 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / OXIDASE (酸化酵素) / ARSENITE / MOLYBDOPTERIN (モリブドプテリン) / [3Fe-4S] CLUSTER / [2Fe-2S] CLUSTER / RIESKE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ヒ酸レダクターゼ (アズリン) / arsenate reductase (azurin) activity / molybdopterin cofactor binding / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / intracellular membrane-bounded organelle / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Alcaligenes faecalis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å | ||||||
データ登録者 | Ellis, P.J. / Conrads, T. / Hille, R. / Kuhn, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2001 タイトル: Crystal structure of the 100 kDa arsenite oxidase from Alcaligenes faecalis in two crystal forms at 1.64 A and 2.03 A. 著者: Ellis, P.J. / Conrads, T. / Hille, R. / Kuhn, P. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992 タイトル: The purification and characterization of arsenite oxidase from Alcaligenes faecalis, a molybdenum-containing hydroxylase 著者: Anderson, G.L. / Williams, J. / Hille, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1g8k.cif.gz | 848.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1g8k.ent.gz | 697.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1g8k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/1g8k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/1g8k | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH
#1: タンパク質 | 分子量: 92111.656 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Alcaligenes faecalis (バクテリア) / 株: NCIB 8687 / 参照: UniProt: Q7SIF4 #2: タンパク質 | 分子量: 13805.501 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Alcaligenes faecalis (バクテリア) / 株: NCIB 8687 / 参照: UniProt: Q7SIF3 |
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-非ポリマー , 9種, 4140分子
#3: 化合物 | ChemComp-HG / #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 化合物 | ChemComp-MGD / #6: 化合物 | ChemComp-O / #7: 化合物 | ChemComp-4MO / #8: 化合物 | ChemComp-F3S / #9: 化合物 | ChemComp-EDO / #10: 化合物 | ChemComp-FES / #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.71 % | |||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: PEG 10000, cobalt(II) chloride, calcium chloride, MES, mercury(II) chloride, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月22日 |
放射 | モノクロメーター: SILICON 311 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.64→17.8 Å / Num. all: 507315 / Num. obs: 507315 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 14.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.64→1.68 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.256 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 28938 / % possible all: 71.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 930124 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 71.5 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.64→17.8 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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原子変位パラメータ | Biso mean: 16.4 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.64→17.8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 481801 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |