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- PDB-1g1s: P-SELECTIN LECTIN/EGF DOMAINS COMPLEXED WITH PSGL-1 PEPTIDE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g1s
タイトルP-SELECTIN LECTIN/EGF DOMAINS COMPLEXED WITH PSGL-1 PEPTIDE
要素
  • P-SELECTINP-セレクチン
  • PSGL-1 PEPTIDE
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / selectin (セレクチン) / lectin (レクチン) / egf / sulphated / slex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of integrin activation / leukocyte adhesive activation / fucose binding / platelet dense granule membrane / glycosphingolipid binding / sialic acid binding / oligosaccharide binding / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / uropod / platelet alpha granule membrane ...regulation of integrin activation / leukocyte adhesive activation / fucose binding / platelet dense granule membrane / glycosphingolipid binding / sialic acid binding / oligosaccharide binding / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / uropod / platelet alpha granule membrane / leukocyte tethering or rolling / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / positive regulation of platelet activation / cellular response to interleukin-6 / positive regulation of leukocyte migration / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / leukocyte cell-cell adhesion / leukocyte migration / plasma membrane => GO:0005886 / plasma membrane raft / 造血 / : / response to cytokine / Cell surface interactions at the vascular wall / lipopolysaccharide binding / calcium-dependent protein binding / Platelet degranulation / virus receptor activity / heparin binding / defense response to Gram-negative bacterium / response to lipopolysaccharide / membrane => GO:0016020 / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / 細胞接着 / 炎症 / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / calcium ion binding / extracellular space / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
P-selectin glycoprotein ligand 1 / Selectin superfamily / Selectin, C-type lectin-like domain / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Sushi repeat (SCR repeat) / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain ...P-selectin glycoprotein ligand 1 / Selectin superfamily / Selectin, C-type lectin-like domain / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Sushi repeat (SCR repeat) / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/SCR/CCP superfamily / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / ラミニン / ラミニン / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF様ドメイン / リボン / Roll / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
STRONTIUM ION / P-セレクチン / P-selectin glycoprotein ligand 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Somers, W.S. / Camphausen, R.T.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2000
タイトル: Insights into the molecular basis of leukocyte tethering and rolling revealed by structures of P- and E-selectin bound to SLe(X) and PSGL-1.
著者: Somers, W.S. / Tang, J. / Shaw, G.D. / Camphausen, R.T.
履歴
登録2000年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P-SELECTIN
B: P-SELECTIN
C: PSGL-1 PEPTIDE
D: PSGL-1 PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,01717
ポリマ－45,5964
非ポリマー3,42113
水4,035224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.445, 96.756, 187.289
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 6分子 ABCD

#1: タンパク質 P-SELECTIN / P-セレクチン / GRANULE MEMBRANE PROTEIN 140 / GMP-140 / PADGEM / CD62P / LEUKOCYTE-ENDOTHELIAL CELL ADHESION ...GRANULE MEMBRANE PROTEIN 140 / GMP-140 / PADGEM / CD62P / LEUKOCYTE-ENDOTHELIAL CELL ADHESION MOLECULE 3 / LECAM3


分子量: 19131.238 Da / 分子数: 2 / 断片: LECTIN/EGF DOMAINS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): CHO CELLS
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P16109
#2: タンパク質・ペプチド PSGL-1 PEPTIDE / PSGL-1


分子量: 3666.835 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): CHO CELLS
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q14242
#3: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)-[beta-D-galactopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1186.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAcb1-6[DGalpb1-3]DGalpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,6,5/[a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3-4-2-5/a3-b1_a6-c1_c3-d1_c4-e1_e3-f2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(3+1)][a-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}[(6+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 235分子

#4: 化合物 ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン / ストロンチウム


分子量: 87.620 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#5: 化合物
ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM HEPES, 10 mM TRIS, 150 mN NaCl, 4 mM CaCl2, 50 mM SrCl2, 5% PEG 6000, 33% MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 291K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18 mg/mlprotein1drop
2100 mMHEPES1drop
310 mMTris-HCl1drop
4150 mM1dropNaCl
54 mM1dropCaCl2
650 mM1dropSrCl2
75 %(w/v)PEG60001drop
833 %(v/v)MPD1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.99987 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年1月1日
放射モノクロメーター: synchrotron / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→15 Å / Num. all: 44923 / Num. obs: 44923 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.63 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 25.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4.63 % / Rmerge(I) obs: 0.274 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 96.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 207998
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.6 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: P-selectin

解像度: 1.9→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 2246 5 %random
Rwork0.204 ---
all0.204 44923 --
obs0.204 44923 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2814 0 220 224 3258
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.54
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 15 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.01

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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