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- PDB-1fqt: CRYSTAL STRUCTURE OF THE RIESKE-TYPE FERREDOXIN ASSOCIATED WITH B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fqt
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE RIESKE-TYPE FERREDOXIN ASSOCIATED WITH BIPHENYL DIOXYGENASE
要素RIESKE-TYPE FERREDOXIN OF BIPHENYL DIOXYGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / RIESKE-TYPE FERREDOXIN / 2FE-2S CLUSTER (鉄硫黄タンパク質) / BETA SANDWICH
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Biphenyl dioxygenase system ferredoxin subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia xenovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / FE MAD / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Colbert, C.L. / Couture, M.M.-J. / Eltis, L.D. / Bolin, J.T.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: A cluster exposed: structure of the Rieske ferredoxin from biphenyl dioxygenase and the redox properties of Rieske Fe-S proteins.
著者: Colbert, C.L. / Couture, M.M. / Eltis, L.D. / Bolin, J.T.
履歴
登録2000年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIESKE-TYPE FERREDOXIN OF BIPHENYL DIOXYGENASE
B: RIESKE-TYPE FERREDOXIN OF BIPHENYL DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1307
ポリマ－24,5022
非ポリマー6285
水5,657314
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.400, 53.100, 64.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 RIESKE-TYPE FERREDOXIN OF BIPHENYL DIOXYGENASE / BIPHENYL DIOXYGENASE / BIPHENYL DIOXYGENASE SYSTEM FERREDOXIN COMPONENT / BIPHENYL DIOXYGENASE


分子量: 12250.814 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans (バクテリア)
株: LB400 / プラスミド: PEBRE12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P37332, Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With NADH or NADPH as one donor, and incorporation of two atoms of oxygen into the other donor
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: INVERSE BEAM GEOMETRY WAS USED
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG MME 5000, MES buffer, ammonium sulfate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 283K, pH 6.5
結晶化
*PLUS
温度: 10 ℃ / pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
131 mg/mlprotein1drop
20.15 Msodium chloride1drop
31 mMdithiothreitol1drop
420 mMMOPS1drop
525 %mPEG50001reservoir
60.2 Mammonium sulfate1reservoir
70.1 MMES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.9537,1.742,1.737
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 1998年4月10日 / 詳細: BENT CYLINDRICAL: SI-MIRROR (RH COATING)
放射モノクロメーター: SI(111) DOUBLE-CRYSTAL: MONOCHROMATOR
プロトコル: MULTIPLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.95371
21.7421
31.7371
反射解像度: 1.6→26 Å / Num. obs: 34971 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.95 % / Biso Wilson estimate: 14.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 4.91 % / Rmerge(I) obs: 0.412 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 97.6
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.6 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: FE MAD / 解像度: 1.6→26 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: THE GEOMETRY WITHIN THE FE-S CLUSTER AND THE BONDS WITH THE PROTEIN LIGANDS WERE RESTRAINED WITH FORCE CONSTANTS OF: 200 KCAL MOLE^-1 ANG.^2 APPLIED TO FE-S (TARGET=2.28 ANG.), FE-ND1 (2.05 ...詳細: THE GEOMETRY WITHIN THE FE-S CLUSTER AND THE BONDS WITH THE PROTEIN LIGANDS WERE RESTRAINED WITH FORCE CONSTANTS OF: 200 KCAL MOLE^-1 ANG.^2 APPLIED TO FE-S (TARGET=2.28 ANG.), FE-ND1 (2.05 ANG.), AND FE-FE (2.68 ANG.) DISTANCES; 40 KCAL MOLE^-1 RAD^-2 APPLIED TO ANGLES S-FE-ND1 (115 DEG.), S-FE-S (105 DEG.), FE-S-FE (75 DEG.), ND1-FE-ND1 (90 DEG.), FE-ND1-CG (108 DEG.), AND FE-S-CB (109.5 DEG.) REFINEMENT TARGET EQUALS MAXIMUM LIKELIHOOD TARGET USING AMPLITUDES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 1761 5 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.18 34933 98.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.83 Å2 / ksol: 0.346 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.24 Å20 Å20 Å2
2--4.28 Å20 Å2
3----0.03 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.1 Å0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1674 0 26 314 2014
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.96
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.07
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.581.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.292
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.452
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.652.5
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 285 5.1 %
Rwork0.225 5333 -
obs--96.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PAPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3FES.PARAMFES.TOP
X-RAY DIFFRACTION4GLYCEROL.PARAMGLYCEROL.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg27.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.07

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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