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- PDB-1fqk: CRYSTAL STRUCTURE OF THE HETERODIMERIC COMPLEX OF THE RGS DOMAIN ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fqk
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE HETERODIMERIC COMPLEX OF THE RGS DOMAIN OF RGS9, AND THE GT/I1 CHIMERA ALPHA SUBUNIT [(RGS9)-(GT/I1ALPHA)-(GDP)-(ALF4-)-(MG2+)]
要素
  • Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1
  • Regulator of G-protein signaling 9
キーワードSIGNALING PROTEIN / RGS9 / transducin / G Protein (Gタンパク質) / Phototransduction / rod / RGS / GAP
機能・相同性
機能・相同性情報


Extra-nuclear estrogen signaling / Adenylate cyclase inhibitory pathway / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / G protein-coupled receptor complex / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Activation of the phototransduction cascade / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G alpha (i) signalling events ...Extra-nuclear estrogen signaling / Adenylate cyclase inhibitory pathway / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / G protein-coupled receptor complex / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Activation of the phototransduction cascade / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G alpha (i) signalling events / negative regulation of synaptic transmission / acyl binding / GTPase activating protein binding / photoreceptor outer segment membrane / G alpha (i) signalling events / response to light stimulus / phototransduction / positive regulation of protein localization to cell cortex / regulation of cAMP-mediated signaling / D2 dopamine receptor binding / G protein-coupled serotonin receptor binding / negative regulation of signal transduction / regulation of mitotic spindle organization / cellular response to forskolin / 視覚 / photoreceptor inner segment / GTPase activator activity / G protein-coupled receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / photoreceptor disc membrane / GDP binding / heterotrimeric G-protein complex / 細胞皮質 / midbody / neuron projection / intracellular signal transduction / 細胞周期 / G protein-coupled receptor signaling pathway / 細胞分裂 / GTPase activity / 中心体 / GTP binding / protein kinase binding / magnesium ion binding / protein-containing complex / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Regulator of G-protein signalling, DHEX domain / Regulator of G-protein signalling DHEX domain / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1 - #10 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1 / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / GI Alpha 1, domain 2-like ...: / : / : / Regulator of G-protein signalling, DHEX domain / Regulator of G-protein signalling DHEX domain / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1 - #10 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1 / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Regulator of G protein signaling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS domain superfamily / G-protein alpha subunit, group I / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Winged helix DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRAFLUOROALUMINATE ION / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Regulator of G-protein signaling 9 / Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Slep, K.C. / Kercher, M.A. / He, W. / Cowan, C.W. / Wensel, T.G. / Sigler, P.B.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2001
タイトル: Structural determinants for regulation of phosphodiesterase by a G protein at 2.0 A.
著者: Slep, K.C. / Kercher, M.A. / He, W. / Cowan, C.W. / Wensel, T.G. / Sigler, P.B.
履歴
登録2000年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年6月28日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1
B: Regulator of G-protein signaling 9
C: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1
D: Regulator of G-protein signaling 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,70310
ポリマ－109,5624
非ポリマー1,1416
水2,090116
1
A: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1
B: Regulator of G-protein signaling 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3515
ポリマ－54,7812
非ポリマー5703
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1
D: Regulator of G-protein signaling 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3515
ポリマ－54,7812
非ポリマー5703
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.785, 115.073, 136.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1 / Transducin alpha-1 chain / Adenylate cyclase-inhibiting G alpha protein / Transducin alpha-1 chain


分子量: 37361.656 Da / 分子数: 2
断片: UNP P04695 residues 26-215 and 295-350 linked via UNP P10824 residues 220-298
由来タイプ: 組換発現
詳細: THE CHIMERA COMPRISES RESIDUES 26 TO 215 OF BOVINE GT, RESIDUES 220 TO 298 OF RAT GI1, AND RESIDUES 295 TO 350 OF BOVINE GT
由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ), (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
属: Bos, Rattusウシ属 / 生物種: , / 遺伝子: GNAT1, Gnai1, Gnai-1 / プラスミド: PHIS6(T7) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04695, UniProt: P10824
#2: タンパク質 Regulator of G-protein signaling 9 / RGS9


分子量: 17419.176 Da / 分子数: 2 / 断片: RGS DOMAIN, UNP RESIDUES 276-422 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: RGS9 / プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O46469

-
非ポリマー , 4種, 122分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4
#5: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 10.5% PEG8000, 110mM magnesium acetate, 50mM Tris pH 8.5, 0.2% beta-ME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115 mg/mlprotein1drop
215.5 %PEG80001reservoir
350 mMTris1reservoir
45 %ethylene glycol1reservoir
575 mM1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.0281
検出器タイプ: APS-1 / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0281 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 1004241 / Num. obs: 66595 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 44.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 28.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.527 / Num. unique all: 1702 / % possible all: 79.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 1004241 / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 79.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 2.3→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2891455.97 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 11292 9.9 %RANDOM; 9.9%
Rwork0.231 ---
obs0.231 114452 87.4 %-
all-130951 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.5 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 65.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--17.48 Å20 Å20 Å2
2--22.01 Å20 Å2
3----4.53 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.47 Å0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7450 0 68 116 7634
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.71
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.404 1445 10.1 %
Rwork0.378 12908 -
obs--66 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PAramPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2GDP.PaRaM
X-RAY DIFFRACTION3ALF4.PaRaM
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION5WATER_REP.PARAm
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 9.9 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 65.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.71
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.403 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor Rwork: 0.378 / Rfactor obs: 0.386

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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