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- PDB-1fpz: CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF KINASE ASSOCIATED PHOSPHATASE (KAP)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fpz
タイトルCRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF KINASE ASSOCIATED PHOSPHATASE (KAP) WITH A SUBSTITUTION OF THE CATALYTIC SITE CYSTEINE (CYS140) TO A SERINE
要素CYCLIN-DEPENDENT KINASE INHIBITOR 3サイクリン依存性キナーゼ阻害因子
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / alpha-beta sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / 脱リン酸化 / プロテインチロシンホスファターゼ / protein tyrosine phosphatase activity / G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of cell cycle ...protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / 脱リン酸化 / プロテインチロシンホスファターゼ / protein tyrosine phosphatase activity / G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of cell cycle / negative regulation of cell population proliferation / perinuclear region of cytoplasm / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Cyclin-dependent kinase inhibitor 3 / CDKN3 domain / Cyclin-dependent kinase inhibitor 3 (CDKN3) / Dual specificity protein phosphatase domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine-specific protein phosphatases domain ...Cyclin-dependent kinase inhibitor 3 / CDKN3 domain / Cyclin-dependent kinase inhibitor 3 (CDKN3) / Dual specificity protein phosphatase domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-dependent kinase inhibitor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Song, H. / Hanlon, N. / Brown, N.R. / Noble, M.E.M. / Johnson, L.N. / Barford, D.
引用
ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2001
タイトル: Phosphoprotein-protein interactions revealed by the crystal structure of kinase-associated phosphatase in complex with phosphoCDK2.
著者: Song, H. / Hanlon, N. / Brown, N.R. / Noble, M.E. / Johnson, L.N. / Barford, D.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1993
タイトル: Cdi1, a human G1 and S phase protein phosphatase that associates with Cdk2
著者: Gyruris, J. / Golemis, E. / Chertkov, H. / Brent, R.
#2: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1993
タイトル: The p21Cdk-interacting protein Cip1 is a potent inhibitor of G1 cyclin-dependent kinases
著者: Harper, J.W. / Adami, G.R. / Wei, N. / Keyomarsi, K. / Elledge, S.J.
履歴
登録2000年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE INHIBITOR 3
B: CYCLIN-DEPENDENT KINASE INHIBITOR 3
C: CYCLIN-DEPENDENT KINASE INHIBITOR 3
D: CYCLIN-DEPENDENT KINASE INHIBITOR 3
E: CYCLIN-DEPENDENT KINASE INHIBITOR 3
F: CYCLIN-DEPENDENT KINASE INHIBITOR 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,49112
ポリマ－142,9146
非ポリマー5766
水12,430690
1
A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE INHIBITOR 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9152
ポリマ－23,8191
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CYCLIN-DEPENDENT KINASE INHIBITOR 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9152
ポリマ－23,8191
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: CYCLIN-DEPENDENT KINASE INHIBITOR 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9152
ポリマ－23,8191
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: CYCLIN-DEPENDENT KINASE INHIBITOR 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9152
ポリマ－23,8191
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: CYCLIN-DEPENDENT KINASE INHIBITOR 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9152
ポリマ－23,8191
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: CYCLIN-DEPENDENT KINASE INHIBITOR 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9152
ポリマ－23,8191
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.930, 131.930, 140.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質
CYCLIN-DEPENDENT KINASE INHIBITOR 3 / サイクリン依存性キナーゼ阻害因子


分子量: 23819.057 Da / 分子数: 6 / 変異: C140S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: HOMO SAPIENS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q16667, プロテインチロシンホスファターゼ
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 690 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.09 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: PEG 8000, ammonium sulphate, sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 詳細: Hanlon, N., (1998) Protein Sci., 7, 508.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
224 %(w/v)PEG80001reservoir
30.1 Msodium acetate1reservoir
40.4 Mammonium sulfate1reservoir
51 mMphosphopeptide1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2000年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 90055 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 23.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2→2.12 Å / Rmerge(I) obs: 0.38 / % possible all: 91.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 319770
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化解像度: 2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 4241 -RANDOM
Rwork0.202 ---
obs-88032 96.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8340 0 30 690 9060
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.58
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.202
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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