+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fo4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF XANTHINE DEHYDROGENASE ISOLATED FROM BOVINE MILK | ||||||
要素 | XANTHINE DEHYDROGENASEキサンチンデヒドロゲナーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Xanthine Dehydrogenase (キサンチンデヒドロゲナーゼ) / FAD / molybdopterin (モリブドプテリン) / 2Fe-2S iron sulfur centers / salicylate (サリチル酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 xanthine dehydrogenase complex / キサンチンデヒドロゲナーゼ / キサンチンオキシダーゼ / xanthine oxidase activity / xanthine catabolic process / xanthine dehydrogenase activity / molybdenum ion binding / molybdopterin cofactor binding / FAD binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding ...xanthine dehydrogenase complex / キサンチンデヒドロゲナーゼ / キサンチンオキシダーゼ / xanthine oxidase activity / xanthine catabolic process / xanthine dehydrogenase activity / molybdenum ion binding / molybdopterin cofactor binding / FAD binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / ペルオキシソーム / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / protein homodimerization activity / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Enroth, C. / Eger, B.T. / Okamoto, K. / Nishino, T. / Nishino, T. / Pai, E.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000 タイトル: Crystal structures of bovine milk xanthine dehydrogenase and xanthine oxidase: structure-based mechanism of conversion. 著者: Enroth, C. / Eger, B.T. / Okamoto, K. / Nishino, T. / Nishino, T. / Pai, E.F. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fo4.cif.gz | 562.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1fo4.ent.gz | 447.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fo4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/1fo4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/1fo4 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | The biological assmbly is a dimer constructed from a single chain in each biological monomer. The monomer is divided into 3 chains due to 2 missing loops of electron density. The dimer is generated by a two-fold. |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 146993.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / Secretion: MILK / 参照: UniProt: P80457, 1.1.1.204 |
---|
-非ポリマー , 8種, 2065分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-FES / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-GOL / #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.75 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 4000, DTT, glycerol, KPi, NaPPi, salicylate, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown / 詳細: unpublished data |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.97895 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97895 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→24.9 Å / Num. all: 176889 / Num. obs: 154198 / % possible obs: 87.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 14.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 11.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.387 / Num. unique all: 5988 / % possible all: 67.8 |
反射 | *PLUS Num. obs: 7710 / Num. measured all: 154198 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 67.8 % |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.1→25 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→25 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 18.8 Å2 |