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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ffv | ||||||
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タイトル | CARBON MONOXIDE DEHYDROGENASE FROM HYDROGENOPHAGA PSEUDOFLAVA | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / DEHYDROGENASE (脱水素酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aerobic carbon monoxide dehydrogenase / carbon-monoxide oxygenase activity / carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor) activity / molybdenum ion binding / FAD binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding / copper ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Hydrogenophaga pseudoflava (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Haenzelmann, P. / Dobbek, H. / Gremer, L. / Huber, R. / Meyer, O. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: The effect of intracellular molybdenum in Hydrogenophaga pseudoflava on the crystallographic structure of the seleno-molybdo-iron-sulfur flavoenzyme carbon monoxide dehydrogenase. 著者: Hanzelmann, P. / Dobbek, H. / Gremer, L. / Huber, R. / Meyer, O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ffv.cif.gz | 510.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ffv.ent.gz | 411.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ffv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/1ffv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/1ffv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 6分子 ADBECF
#1: タンパク質 | 分子量: 17747.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Hydrogenophaga pseudoflava (バクテリア) 参照: UniProt: P19915 #2: タンパク質 | 分子量: 87345.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Hydrogenophaga pseudoflava (バクテリア) 参照: GenBank: 4098682, UniProt: P19913*PLUS #3: タンパク質 | 分子量: 30552.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Hydrogenophaga pseudoflava (バクテリア) 参照: UniProt: P19914 |
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-非ポリマー , 4種, 1615分子
#4: 化合物 | ChemComp-FES / #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.53 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: potassium sodium tartrate, dihydrogen ammonium phosphate, methylpentandediol, dithioerythritol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 108 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→20 Å / Num. all: 433970 / Num. obs: 407833 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 7.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.32 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.358 / Num. unique all: 165339 / % possible all: 79.7 |
反射 | *PLUS Num. obs: 162740 / Num. measured all: 433970 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 79.7 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.25→20 Å / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.209 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.25 Å / 最低解像度: 2.32 Å / Rfactor Rfree: 0.341 / Rfactor obs: 0.323 |