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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fcl | ||||||
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タイトル | DELTA1.5: A COMPUTATIONALLY DESIGNED CORE VARIANT OF THE B1 DOMAIN OF STREPTOCOCCAL PROTEIN G | ||||||
要素 | IMMUNOGLOBULIN G BINDING PROTEIN G | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / Designed Core Mutant / Streptococcal Protein G (レンサ球菌) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptococcus sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | 溶液NMR / Standard Distance Geometry, simulated Annealing Methods | ||||||
データ登録者 | Ross, S.A. / Sarisky, C.A. / Su, A. / Mayo, S.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2001 タイトル: Designed protein G core variants fold to native-like structures: sequence selection by ORBIT tolerates variation in backbone specification. 著者: Ross, S.A. / Sarisky, C.A. / Su, A. / Mayo, S.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fcl.cif.gz | 655.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1fcl.ent.gz | 572.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fcl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/1fcl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/1fcl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 6216.819 Da / 分子数: 1 / 断片: GB1_DELTA1.5 / 変異: Y3F, L7I, F30L, A34I, V39I, F52W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptococcus sp. (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19909 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: none |
-試料調製
詳細 | 内容: 1 mM unlabeled protein in 50 mM sodium phosphate, pH 6.0 溶媒系: either D2O or 90:10 H2O:D2O |
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試料状態 | イオン強度: 50 mM sodium phosphate / pH: 6.0 / 圧: Atmospheric atm / 温度: 298 K |
結晶化 | *PLUS 手法: その他 / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 600 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: Standard Distance Geometry, simulated Annealing Methods ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: Structures with the Least Restraint Violations, Structures with the Lowest Energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 40 |