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万見
- PDB-1ef4: SOLUTION STRUCTURE OF THE ESSENTIAL RNA POLYMERASE SUBUNIT RPB10 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ef4
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE ESSENTIAL RNA POLYMERASE SUBUNIT RPB10 FROM METHANOBACTERIUM THERMOAUTOTROPHICUM
要素DNA-DIRECTED RNA POLYMERASEポリメラーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / THREE HELIX BUNDLE (ヘリックスバンドル) / ZINC BINDING (亜鉛) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / Homeodomain-like / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit N
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY WITH SIMULATED ANNEALING
データ登録者Mackereth, C.D. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Mcintosh, L.P. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Zinc-bundle structure of the essential RNA polymerase subunit RPB10 from Methanobacterium thermoautotrophicum.
著者: Mackereth, C.D. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / McIntosh, L.P.
履歴
登録2000年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5102
ポリマ－6,4441
非ポリマー651
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 60structures with acceptable covalent geometry
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE / ポリメラーゼ / SUBUNIT N


分子量: 6444.494 Da / 分子数: 1 / 断片: SUBUNIT RPB10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O26147, ポリメラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D METHYL-METHYL 13C SEPARATED NOESY
1212D NOESY
1313D 13C-SEPARATED NOESY
1413D 15N-SEPARATED NOESY
151HNHA
1612D CT-HMQC-J
NMR実験の詳細Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE- RESONANCE NMR SPECTROSCOPY.

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試料調製

詳細内容: 0.5MM RPB10 U-15N,13C 20MM DEUTERATED D-TRIS; 0.15M NACL; 2MM BETA- MERCAPTOETHANOL; 99% D2O, 1% H2O
試料状態イオン強度: 150mM_NACL / pH: 7.50 / 圧: AMBIENT / 温度: 303.00 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR 3.851, ARIA1999BRUNGER (X-PLOR), NILGES (ARIA)精密化
VNMR6構造決定
Felix95構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY WITH SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINED USING ARIA AMBIGUOUS AND UNAMBIGUOUS RESTRAINTS, AND INCLUDING RESTRAINTS FOR DIHEDRAL ANGLES AND HYDROGEN BOND DISTANCES. ZINC COORDINATION TO CYS 6,9,43,44 WITH IDEALIZED ...詳細: REFINED USING ARIA AMBIGUOUS AND UNAMBIGUOUS RESTRAINTS, AND INCLUDING RESTRAINTS FOR DIHEDRAL ANGLES AND HYDROGEN BOND DISTANCES. ZINC COORDINATION TO CYS 6,9,43,44 WITH IDEALIZED TETRAHEDRAL RESTRAINTS WERE ADDED IN THE FINAL ROUNDS OF REFINEMENT; THE COORDINATING LIGANDS AND THEIR GEOMETRIC ARRANGEMENT WERE IDENTIFIED BASED ON INITIAL NOE-DERIVED STRUCTURES CALCULATED WITHOUT INCLUSION OF THE METAL ION. THREE N- TERMINAL RESIDUES (GLY-SER-HIS) REMAINING FROM CLEAVAGE OF THE HIS-TAG WERE DISORDERED AND NOT INCLUDED IN THE FINAL ENSEMBLE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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