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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ee1 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF NH3-DEPENDENT NAD+ SYNTHETASE FROM BACILLUS SUBTILIS COMPLEXED WITH ONE MOLECULE ATP, TWO MOLECULES DEAMIDO-NAD+ AND ONE MG2+ ION | ||||||
要素 | NH(3)-DEPENDENT NAD(+) SYNTHETASE | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / LYASE (リアーゼ) / AMIDOTRANSFERASE / NH3 DEPENDENT / ATP PYROPHOSPHATASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NAD+シンターゼ / NAD+ synthase activity / NAD+ synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / glutaminase activity / NAD biosynthetic process / sporulation resulting in formation of a cellular spore / ATP binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.06 Å | ||||||
データ登録者 | Devedjiev, Y. / Symersky, J. / Singh, R. / Jedrzejas, M. / Brouillette, C. / Brouillette, W. / Muccio, D. / Chattopadhyay, D. / Delucas, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001 タイトル: Stabilization of active-site loops in NH3-dependent NAD+ synthetase from Bacillus subtilis. 著者: Devedjiev, Y. / Symersky, J. / Singh, R. / Jedrzejas, M. / Brouillette, C. / Brouillette, W. / Muccio, D. / Chattopadhyay, D. / DeLucas, L. #1: ジャーナル: AM.CRYST.ASSOC.,ABSTR.PAPERS (SUMMER MEETING) 年: 1997 タイトル: Asymmetric Complex of NAD+ Synthetase with Natural Substrates ATP Deamido-NAD+ 著者: Devedjiev, Y. / Singh, R. / Brouillette, C. / Muccio, D. / Brouillette, W. / DeLucas, L. / Jedzejas, M. #2: ジャーナル: AM.CRYST.ASSOC.,ABSTR.PAPERS (SUMMER MEETING) 年: 1998 タイトル: Catalytic Cycle of NAD+ Synthetase Viewed by X-Ray Structures of Kinetic Intermediates 著者: Devedjiev, Y. / Singh, R. / Brouillette, C. / Muccio, D. / Brouillette, W. / DeLucas, L. / Jedzejas, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ee1.cif.gz | 125.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ee1.ent.gz | 97.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ee1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/1ee1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/1ee1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30303.994 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: NADE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P08164, NAD+ synthase (glutamine-hydrolysing) #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ATP / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.42 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.2 詳細: PEG400, sodium acetate, magnesium chloride, adenosine triphosphate, deamido-NAD+, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年3月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.06→20 Å / Num. all: 98810 / Num. obs: 33464 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 25.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.06→2.13 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.156 / Num. unique all: 2584 / % possible all: 82.6 |
反射 | *PLUS Num. obs: 30068 / % possible obs: 95.4 % / Num. measured all: 136657 / Rmerge(I) obs: 0.05 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 83 % / Mean I/σ(I) obs: 7.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.06→6 Å / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Used weighted least squares procedure. ALL PORTIONS OF THE BACKBONE IN SUBUNIT A ARE WELL ORDERED. HOWEVER, BACKBONE ATOMS AND THE SIDE CHAINS OF RESIDUES 83-86 AND 205-225 IN SUBUNIT B ARE ...詳細: Used weighted least squares procedure. ALL PORTIONS OF THE BACKBONE IN SUBUNIT A ARE WELL ORDERED. HOWEVER, BACKBONE ATOMS AND THE SIDE CHAINS OF RESIDUES 83-86 AND 205-225 IN SUBUNIT B ARE NOT VISIBLE ON THE ELECTRON DENSITY MAP. THE NICOTINIC ACID MOIETY OF DEAMIDO-NAD BOUND TO SUBUNIT B IS DISORDERED AS WELL, THOUGH THE REMAINDER OF THE SUBSTRATE IS WELL ORDERED. COORDINATES OF THE NICOTINIC ACID MOIETY IN SUBUNIT B ARE PRESENTED FOR REFERENCE. ATP BINDING SITE IN SUBUNIT A IS FULLY OCCUPIED, HOWEVER, NO BINDING OF ATP AND MG2+ WAS FOUND IN SUBUNIT B.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.06→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 29684 / σ(F): 1 / Rfactor obs: 0.158 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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