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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ed9 | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF E. COLI ALKALINE PHOSPHATASE WITHOUT THE INORGANIC PHOSPHATE AT 1.75A RESOLUTION | ||||||
要素 | ALKALINE PHOSPHATASEアルカリホスファターゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / wild type (野生型) / free of phosphate | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on phosphorus or arsenic in donors / アルカリホスファターゼ / alkaline phosphatase activity / hydrogenase (acceptor) activity / phosphoprotein phosphatase activity / 脱リン酸化 / protein dephosphorylation / outer membrane-bounded periplasmic space / ペリプラズム / magnesium ion binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Stec, B. / Holtz, K.M. / Kantrowitz, E.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: A revised mechanism for the alkaline phosphatase reaction involving three metal ions. 著者: Stec, B. / Holtz, K.M. / Kantrowitz, E.R. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991 タイトル: Reaction Mechanism of Alkaline Phosphatase Based on Crystal Structures. Two-metal ion catalysis. 著者: Kim, E.E. / Wyckoff, H.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ed9.cif.gz | 190.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ed9.ent.gz | 157.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ed9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/1ed9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/1ed9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47094.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PEK48 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00634, アルカリホスファターゼ #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.77 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Tris, ammonium sulfate, magnesium chloride, zinc chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 9.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: UCSD MARK II / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年3月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→35 Å / Num. all: 116126 / Num. obs: 116126 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.45 % / Biso Wilson estimate: 25.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0637 / Net I/σ(I): 14.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.88 Å / 冗長度: 1.76 % / Rmerge(I) obs: 0.328 / Num. unique all: 18331 / % possible all: 73.4 |
反射 | *PLUS 冗長度: 3.3 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 75.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.75→15 Å / Num. parameters: 29907 / Num. restraintsaints: 28661 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Conjugate gradient refinement. Last cycle with full matrix.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: moews & kretsinger | |||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 6386 / Occupancy sum non hydrogen: 7234.78 | |||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→15 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4 % / Rfactor all: 0.196 / Rfactor obs: 0.164 / Rfactor Rfree: 0.236 | |||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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