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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1e7p | |||||||||
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タイトル | QUINOL:FUMARATE REDUCTASE FROM WOLINELLA SUCCINOGENES | |||||||||
要素 | (Fumarate reductase ...フマル酸レダクターゼ) x 3 | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / SUCCINATE DEHYDROGENASE (コハク酸デヒドロゲナーゼ) / RESPIRATORY CHAIN (電子伝達系) / CITRIC ACID CYCLE (クエン酸回路) / FLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) / IRON- SULPHUR PROTEIN IRON- SULPHUR PROTEIN / DIHAEM CYTOCHROME B | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / : / コハク酸デヒドロゲナーゼ / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 電子伝達系 / respirasome / クエン酸回路 / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / : / コハク酸デヒドロゲナーゼ / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 電子伝達系 / respirasome / クエン酸回路 / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Wolinella succinogenes (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Lancaster, C.R.D. / Kroeger, A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2001 タイトル: A Third Crystal Form of Wolinella Succinogenes Quinol:Fumarate Reductase Reveals Domain Closure at the Site of Fumarate Reduction 著者: Lancaster, C.R.D. / Gross, R. / Simon, J. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000 タイトル: Essential Role of Glu-C66 for Menaquinol Oxidation Indicates Transmembrane Electrochemical Potential Generation by Wolinella Succinogenes Fumarate Reductase 著者: Lancaster, C.R.D. / Gross, R. / Haas, A. / Ritter, M. / Maentele, W. / Simon, J. / Kroeger, A. #2: ジャーナル: Nature / 年: 1999 タイトル: Structure of Fumarate Reductase from Wolinella Succinogenes at 2.2 Angstroms Resolution 著者: Lancaster, C.R.D. / Kroeger, A. / Auer, M. / Michel, H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1e7p.cif.gz | 925.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1e7p.ent.gz | 746.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1e7p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/1e7p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/1e7p | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1qla S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
-Fumarate reductase ... , 3種, 12分子 ADGJBEHKCFIL
#1: タンパク質 | 分子量: 72825.055 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: 8-ALPHA-[-N-EPSILON-HISTIDYL] COVALENT BOND BETWEEN FLAVIN ADENINE DINUCLEOTIDE (FAD) AND HIS 43 由来: (組換発現) Wolinella succinogenes (バクテリア) 遺伝子: frdA, WS0831 / 発現宿主: Wolinella succinogenes (バクテリア) 参照: UniProt: P17412, フマル酸レダクターゼ (キノール) #2: タンパク質 | 分子量: 27197.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Wolinella succinogenes (バクテリア) 遺伝子: frdB, WS0830 / 発現宿主: Wolinella succinogenes (バクテリア) 参照: UniProt: P17596, コハク酸デヒドロゲナーゼ #3: タンパク質 | 分子量: 29758.070 Da / 分子数: 4 / Mutation: E66Q / 由来タイプ: 組換発現 詳細: HAEM AXIAL LIGANDS - HIS 44, HIS 93, HIS 143 HIS 182 由来: (組換発現) Wolinella succinogenes (バクテリア) 株: ATCC 29543 / DSM 1740 / LMG 7466 / NCTC 11488 / FDC 602W 遺伝子: frdC, WS0832 / Variant: FRDC-E66Q / 発現宿主: Wolinella succinogenes (バクテリア) / 参照: UniProt: P17413 |
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-糖 , 1種, 4分子
#11: 糖 | ChemComp-LMT / |
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-非ポリマー , 7種, 32分子
#4: 化合物 | ChemComp-FAD / #5: 化合物 | ChemComp-MLA / #6: 化合物 | ChemComp-NA / #7: 化合物 | ChemComp-FES / #8: 化合物 | ChemComp-F3S / #9: 化合物 | ChemComp-SF4 / #10: 化合物 | ChemComp-HEM / |
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-詳細
構成要素の詳細 | CHAINS: C, F, I, L CONTAIN ENGINEERED |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: pH 6.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.4 / 手法: 蒸気拡散法詳細: used microseeding, Lancaster, C.R.D., (1999) Nature, 402, 377. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 275 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.958 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月9日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.958 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 102882 / % possible obs: 80.8 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 65.4 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 11.9 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.29 Å / 冗長度: 1.97 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.26 / % possible all: 61.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1QLA 1qla 解像度: 3.1→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 10000000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: N(OBS)/N(PAR) = 1.57
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溶媒の処理 | Bsol: 48.4 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 84.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.66 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.1→3.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.049 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.477 |