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万見
- PDB-1e4g: FtsA (ATP-bound form) from Thermotoga maritima -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e4g
タイトルFtsA (ATP-bound form) from Thermotoga maritima
要素CELL DIVISION PROTEIN FTSA細胞分裂
キーワードBACTERIAL CELL DIVISION / ACTIN FAMILY (アクチン)
機能・相同性
機能・相同性情報


FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site / cytoplasmic side of plasma membrane / 細胞分裂 / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Dna Ligase; domain 1 - #110 / Cell division protein FtsA / SHS2 domain inserted in FTSA / Cell division protein FtsA / SHS2 domain inserted in FtsA / Cell division protein FtsA / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / Dna Ligase; domain 1 ...Dna Ligase; domain 1 - #110 / Cell division protein FtsA / SHS2 domain inserted in FTSA / Cell division protein FtsA / SHS2 domain inserted in FtsA / Cell division protein FtsA / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / Dna Ligase; domain 1 / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Cell division protein FtsA
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOTOGA MARITIMA (テルモトガ・マリティマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者van den Ent, F. / Lowe, J.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2000
タイトル: Crystal Structure of the Cell Division Protein Ftsa from Thermotoga Maritima
著者: van den Ent, F. / Lowe, J.
履歴
登録2000年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / entity_src_gen
Item: _audit_author.name / _citation_author.name ..._audit_author.name / _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
T: CELL DIVISION PROTEIN FTSA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9353
ポリマ－47,4041
非ポリマー5312
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)50.450, 73.740, 57.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.46, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 CELL DIVISION PROTEIN FTSA / 細胞分裂


分子量: 47404.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMOTOGA MARITIMA (テルモトガ・マリティマ)
遺伝子: FTSA / プラスミド: PHIS17 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q9WZU0
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化pH: 5.5
詳細: 200 MM AMMONIUM ACETATE, 100 MM NA ACETATE PH 5.5, 15% PEG
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
113 mg/mlprotein1drop
21 mMADP1drop
32 mM1dropMgCl2
4200 mMammonium acetate1reservoir
5100 mMsodium acetate1reservoir
615 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393, 0.9787, 0.9791
検出器日付: 2000年2月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.93931
20.97871
30.97911
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 11678 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 55.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.235 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / % possible all: 98.1
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
CNS1位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→30 Å / Data cutoff high absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: A POSTERIORI / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 581 5 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.22 11678 97.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.52 Å20 Å2-1.53 Å2
2---5.84 Å20 Å2
3---2.315 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2988 0 32 69 3089
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.376
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it01.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it02
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it02
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it02.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.68 Å / Total num. of bins used: 11 /
Rfactor反射数%反射
Rfree0.467 65 5 %
Rwork0.323 978 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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