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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1.0E+44 | ||||||
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タイトル | ribonuclease domain of colicin E3 in complex with its immunity protein | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBONUCLEASE (リボヌクレアーゼ) / INHIBITION (酵素阻害剤) / PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS (タンパク質間相互作用) / RIBOSOME INACTIVATION / TOXIN (毒素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of ion transmembrane transporter activity / extrachromosomal circular DNA / bacteriocin immunity / toxic substance binding / ribosome binding / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / endonuclease activity / killing of cells of another organism / transmembrane transporter binding / defense response to bacterium / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Carr, S. / Walker, D. / James, R. / Kleanthous, C. / Hemmings, A.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2000 タイトル: Inhibition of a Ribosome Inactivating Ribonuclease: The Crystal Structure of the Cytotoxic Domain of Colicin E3 in Complex with its Immunity Protein 著者: Carr, S. / Walker, D. / James, R. / Kleanthous, C. / Hemmings, A.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1e44.cif.gz | 47.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1e44.ent.gz | 38 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1e44.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/1e44 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/1e44 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9910.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02984 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 10812.117 Da / 分子数: 1 / Fragment: RIBONUCLEASE DOMAIN RESIDUES 456-551 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 解説: CO-EXPRESSED WITH A HIS-TAGGED IMMUNITY PROTEIN / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P00646 |
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.6 詳細: 0.1 M NA CITRATE PH 5.6, 20% ISOPROPANOL, 10% PEG 4000 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 277 K / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Carr, S., (1999) Acta Crystallogr., D56, 1630. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9, 0.97, 0.979 | ||||||||||||
検出器 | 検出器: CCD | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 14892 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 37.8 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.45 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.237 / % possible all: 97.5 | ||||||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Rmerge(I) obs: 0.039 | ||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.5 % / Rmerge(I) obs: 0.237 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→30 Å / Data cutoff high absF: 100000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / σ(F): 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.45 Å / Rfactor Rfree: 0.229 / Rfactor obs: 0.194 |