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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1e2o | ||||||
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タイトル | CATALYTIC DOMAIN FROM DIHYDROLIPOAMIDE SUCCINYLTRANSFERASE | ||||||
要素 | DIHYDROLIPOAMIDE SUCCINYLTRANSFERASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / ACYLTRANSFERASE (アシルトランスフェラーゼ) / KETOGLUTARATE DEHYDROGENASE MULTIENZYME COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-lysine catabolic process to acetyl-CoA via saccharopine / oxoglutarate dehydrogenase complex / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase activity / lipoic acid binding / クエン酸回路 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Knapp, J.E. / Mitchell, D.T. / Yazdi, M.A. / Ernst, S.R. / Reed, L.J. / Hackert, M.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998 タイトル: Crystal structure of the truncated cubic core component of the Escherichia coli 2-oxoglutarate dehydrogenase multienzyme complex. 著者: Knapp, J.E. / Mitchell, D.T. / Yazdi, M.A. / Ernst, S.R. / Reed, L.J. / Hackert, M.L. #1: ジャーナル: Science / 年: 1992 タイトル: Atomic Structure of the Cubic Core of the Pyruvate Dehydrogenase Multienzyme Complex 著者: Mattevi, A. / Obmolova, G. / Schulze, E. / Kalk, K.H. / Westphal, A.H. / De Kok, A. / Hol, W.G. #2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1984 タイトル: Nucleotide Sequence of the Sucb Gene Encoding the Dihydrolipoamide Succinyltransferase of Escherichia Coli K12 and Homology with the Corresponding Acetyltransferase 著者: Spencer, M.E. / Darlison, M.G. / Stephens, P.E. / Duckenfield, I.K. / Guest, J.R. #3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1971 タイトル: Crystallization and Preliminary Structural Analysis of Dihydrolipoyl Transsuccinylase, the Core of the 2-Oxoglutarate Dehydrogenase Complex 著者: Derosier, D.J. / Oliver, R.M. / Reed, L.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1e2o.cif.gz | 49.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1e2o.ent.gz | 39.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1e2o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/1e2o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/1e2o | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1eaaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 24||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26107.420 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 172 - 404 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: SUCB / プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM101 参照: UniProt: P07016, UniProt: P0AFG6*PLUS, dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.2M AMMONIUM SULFATE, 1% ETHANOL, 50 MM POTASSIUM PHOSPHATE, PH 7.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.3 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年3月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→20 Å / Num. obs: 9906 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Rsym value: 0.145 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.046 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.145 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1EAA 解像度: 3→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: BULK SOLVENT MODEL AND RESOLUTION-DEPENDENT WEIGHTING SCHEME USED.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 33.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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