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万見
- PDB-1dz5: The NMR structure of the 38KDa U1A protein-PIE RNA complex reveal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dz5
タイトルThe NMR structure of the 38KDa U1A protein-PIE RNA complex reveals the basis of cooperativity in regulation of polyadenylation by human U1A protein
要素
  • PIE, RNA (5'-R(*GP*AP*GP*AP*CP*AP*UP*UP*GP*CP*AP*CP*CP* CP*GP*GP*AP*GP*UP*CP*UP*C)-3')
  • U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A
キーワードRIBONUCLEOPROTEIN/RNA / RIBONUCLEOPROTEIN-RNA COMPLEX / POLYADENYLATION (ポリアデニル化) / PROTEIN PROTEIN INTERACTION (タンパク質間相互作用) / RNA PROTEIN INTERACTION (リボ核酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / 核質 ...U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / U1 small nuclear ribonucleoprotein A
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS
データ登録者Varani, L. / Gunderson, S.I. / Mattaj, I.W. / Kay, L.E. / Neuhaus, D. / Varani, G.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: The NMR Structure of the 38kDa U1A Protein-Pie RNA Complex Reveals the Basis of Cooperativity in Regulation of Polyadenylation by Human U1A Protein
著者: Varani, L. / Gunderson, S.I. / Mattaj, I.W. / Kay, L.E. / Neuhaus, D. / Varani, G.
履歴
登録2000年2月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月15日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A
B: U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A
C: PIE, RNA (5'-R(*GP*AP*GP*AP*CP*AP*UP*UP*GP*CP*AP*CP*CP* CP*GP*GP*AP*GP*UP*CP*UP*C)-3')
D: PIE, RNA (5'-R(*GP*AP*GP*AP*CP*AP*UP*UP*GP*CP*AP*CP*CP* CP*GP*GP*AP*GP*UP*CP*UP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2944
ポリマ－37,2944
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)13 / 50AGREEMENT WITH EXPERIMENTAL DATA
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A / U1 SNRNP A / U1-A / U1A


分子量: 11613.582 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 2-102 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET13A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P09012
#2: RNA鎖 PIE, RNA (5'-R(*GP*AP*GP*AP*CP*AP*UP*UP*GP*CP*AP*CP*CP* CP*GP*GP*AP*GP*UP*CP*UP*C)-3')


分子量: 7033.242 Da / 分子数: 2 / 断片: 3' UTR POLYADENYLATION INHIBITION ELEMENT / 変異: YES / 由来タイプ: 合成 / 詳細: PRODUCED BY IN VITRO TRANSCRIPTION / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)
構成要素の詳細MUTATIONS IN CHAIN A,B: Y31H, Q36R MUTATIONS IN CHAIN C: U18C, A21G MUTATIONS IN CHAIN D: U47C

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D FILTERED NOESY
121HSQCS
131HALF-FILTER EXPERIMENTS
1412D NOESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING 15N, 13C AND 2D LABELED SAMPLES. DIFFERENT LABELLED SPECIES WERE MIXED IN DIFFERENT EXPERIMENTS. TRIPLE RESONANCE EXPERIMENTS COULD NOT BE USED DUE TO THE ...Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING 15N, 13C AND 2D LABELED SAMPLES. DIFFERENT LABELLED SPECIES WERE MIXED IN DIFFERENT EXPERIMENTS. TRIPLE RESONANCE EXPERIMENTS COULD NOT BE USED DUE TO THE SIZE OF THE COMPLEX; TROSY WAS NOT AVAILABLE WHEN MOST OF THE ASSIGNMENT WAS COMPLETED.

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試料調製

詳細内容: 10MM PHOSPHATE BUFFER
試料状態イオン強度: 10MM PHOSPHATE BUFFER / pH: 6.0 / 圧: 1 atm / 温度: 300 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.8.1BRUNGER精密化
XPLOR3.8.1構造決定
精密化手法: RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1 / 詳細: DETAILS CAN BE FOUND IN THE JOURNAL CITATION ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: AGREEMENT WITH EXPERIMENTAL DATA
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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