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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dwr | ||||||
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タイトル | MYOGLOBIN (HORSE HEART) WILD-TYPE COMPLEXED WITH CO | ||||||
要素 | Myoglobinミオグロビン | ||||||
キーワード | OXYGEN TRANSPORT (血液) / RESPIRATORY PROTEIN (呼吸器) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / 筋形質 / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / 血液 / removal of superoxide radicals / peroxidase activity / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Equus caballus (ウマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Chu, K. / Vojtechovsky, J. / McMahon, B.H. / Sweet, R.M. / Berendzen, J. / Schlichting, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2000 タイトル: Crystal Structure of a New Ligand Binding Intermediate in Wildtype Carbonmonoxy Myoglobin 著者: Chu, K. / Vojtechovsky, J. / Mcmahon, B.H. / Sweet, R.M. / Berendzen, J. / Schlichting, I. #1: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1997 タイトル: A Myoglobin Variant with a Polar Substitution in a Conserved Hydrophobic Cluster in the Heme Binding Pocket 著者: Maurus, R. / Overall, C.M. / Bogumil, R. / Luo, Y. / Mauk, A.G. / Smith, M. / Brayer, G.D. #2: ジャーナル: Nature / 年: 1994 タイトル: Crystal Structure of Photolysed Myoglobin 著者: Schlichting, I. / Berendzen, J. / Phillips Jr, G.N. / Sweet, R.M. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987 タイトル: Crystallization and Preliminary Diffraction Data for Horse Heart Metmyoglobin 著者: Sherwood, C. / Mauk, A.G. / Brayer, G.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dwr.cif.gz | 49.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dwr.ent.gz | 33.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dwr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/1dwr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/1dwr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | BIOLOGICAL_UNIT: MONOMER |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16983.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 器官: HEART心臓 / 参照: UniProt: P68082 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-CMO / | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.18 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: HHMB(SIGMA) WAS CRYSTALLIZED AT ROOM TEMPERATURE BY EQUILIBRATING 10 UL DROPS OF 5 MG/ML PROTEIN IN 1.7-1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRIS HCL PH 7.5 USING THE HANGING DROP GEOMETRY | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.1 |
検出器 | タイプ: PRINCETON SCIENTIFIC / 検出器: CCD / 日付: 1998年6月2日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→20 Å / Num. obs: 23795 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.47 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 9.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.5 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.227 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.227 / % possible all: 87.2 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 87.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1AZI 解像度: 1.45→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: LYS47 AND SER92 HAVE ALTERNATE CONFORMATIONS
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→20 Å
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拘束条件 |
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