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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dux | ||||||
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タイトル | ELK-1/DNA STRUCTURE REVEALS HOW RESIDUES DISTAL FROM DNA-BINDING SURFACE AFFECT DNA-RECOGNITION | ||||||
要素 |
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キーワード | Transcription/DNA / ETS-DOMAIN / DNA-BINDING DOMAIN (DNA結合ドメイン) / WINGED HELIX-TURN-HELIX / DNA-BINDING SPECIFICITY / Transcription-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hippocampal neuron apoptotic process / response to fibroblast growth factor / cellular response to testosterone stimulus / NGF-stimulated transcription / ERK/MAPK targets / response to light stimulus / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / axon terminus / nuclear receptor coactivator activity / liver development ...hippocampal neuron apoptotic process / response to fibroblast growth factor / cellular response to testosterone stimulus / NGF-stimulated transcription / ERK/MAPK targets / response to light stimulus / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / axon terminus / nuclear receptor coactivator activity / liver development / ミトコンドリア / lung development / cellular response to gamma radiation / HCMV Early Events / sequence-specific double-stranded DNA binding / 遺伝子発現 / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / 樹状突起 / neuronal cell body / chromatin binding / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Mo, Y. / Vaessen, B. / Johnston, K. / Marmorstein, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000 タイトル: Structure of the elk-1-DNA complex reveals how DNA-distal residues affect ETS domain recognition of DNA. 著者: Mo, Y. / Vaessen, B. / Johnston, K. / Marmorstein, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dux.cif.gz | 82.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dux.ent.gz | 58.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dux.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/1dux ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/1dux | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4031.634 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: DNA鎖 | 分子量: 3911.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #3: タンパク質 | 分子量: 11067.706 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 1-94 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PRSETA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19419 #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.58 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6 詳細: 50 mM sodium Cacodylate, 10% PEG 2000, 100 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 3 mM ZnCl2, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 18614 / Num. obs: 17831 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 28.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 27.1 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.01 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Num. unique all: 1443 / % possible all: 77.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.1→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.2 % / Rfactor obs: 0.202 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |