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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dug | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF THE FIBRINOGEN G CHAIN INTEGRIN BINDING AND FACTOR XIIIA CROSSLINKING SITES OBTAINED THROUGH CARRIER PROTEIN DRIVEN CRYSTALLIZATION | ||||||
要素 | chimera of GLUTATHIONE S-TRANSFERASE-synthetic LINKEr-C-TERMINAL FIBRINOGEN GAMMA CHAIN | ||||||
キーワード | transferase (転移酵素) / blood clotting (凝固・線溶系) / gamma chain integrin fragment / carrier protein driven crystallization | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 platelet maturation / fibrinogen complex / Regulation of TLR by endogenous ligand / blood coagulation, fibrin clot formation / Α顆粒 / cellular response to interleukin-6 / MyD88 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane ...platelet maturation / fibrinogen complex / Regulation of TLR by endogenous ligand / blood coagulation, fibrin clot formation / Α顆粒 / cellular response to interleukin-6 / MyD88 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / extracellular matrix structural constituent / plasminogen activation / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / positive regulation of peptide hormone secretion / positive regulation of exocytosis / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / グルタチオン-S-トランスフェラーゼ / glutathione transferase activity / protein secretion / protein polymerization / cellular response to interleukin-1 / Integrin cell surface interactions / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of vasoconstriction / fibrinolysis / cell adhesion molecule binding / cell-matrix adhesion / Integrin signaling / platelet alpha granule lumen / Post-translational protein phosphorylation / positive regulation of protein secretion / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / 血小板 / response to calcium ion / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Platelet degranulation / ER-Phagosome pathway / collagen-containing extracellular matrix / protein-containing complex assembly / blood microparticle / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / 小胞体 / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / structural molecule activity / 細胞膜 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Ware, S. / Donahue, J.P. / Hawiger, J. / Anderson, W.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999 タイトル: Structure of the fibrinogen gamma-chain integrin binding and factor XIIIa cross-linking sites obtained through carrier protein driven crystallization. 著者: Ware, S. / Donahue, J.P. / Hawiger, J. / Anderson, W.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dug.cif.gz | 120.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dug.ent.gz | 94.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dug.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/1dug ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/1dug | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27133.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE (residues 1-217) bound to synthetic SDP linker (residues 218-220) bound to C-TERMINAL FIBRINOGEN GAMMA CHAIN (residues 221-234) 由来: (組換発現) Schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 解説: EUKARYOTA; METAZOA; PLATYHELMINTHES; TREMATODA; DIGENEA; STRIGEIDIDA; SCHISTOSO MATOIDEA; SCHISTOSOMATIDAE; SCHISTOSOMA 遺伝子: FGG,PRO2061 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5ALPHA 参照: UniProt: P08515, UniProt: P02679, グルタチオン-S-トランスフェラーゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.21 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: PEG 3350, sodium acetate, sodium chloride, ammonium sulfate, Tris, reduced glutathione, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: -170 ℃ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1.0093 |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年3月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0093 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→28 Å / Num. all: 376772 / Num. obs: 67736 / % possible obs: 89.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.56 % / Rmerge(I) obs: 0.054 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→2 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Num. unique all: 12570 / % possible all: 66.1 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 376772 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 66.1 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→28 Å / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→28 Å
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拘束条件 |
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