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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dog | |||||||||
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タイトル | REFINED STRUCTURE FOR THE COMPLEX OF 1-DEOXYNOJIRIMYCIN WITH GLUCOAMYLASE FROM (ASPERGILLUS AWAMORI) VAR. X100 TO 2.4 ANGSTROMS RESOLUTION | |||||||||
要素 | GLUCOAMYLASE-471 | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucan 1,4-alpha-glucosidase / glucan 1,4-alpha-glucosidase activity / starch binding / polysaccharide catabolic process 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Aspergillus awamori (アワモリコウジカビ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Harris, E. / Aleshin, A. / Firsov, L. / Honzatko, R.B. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993 タイトル: Refined structure for the complex of 1-deoxynojirimycin with glucoamylase from Aspergillus awamori var. X100 to 2.4-A resolution. 著者: Harris, E.M. / Aleshin, A.E. / Firsov, L.M. / Honzatko, R.B. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992 タイトル: Crystal Structure of Glucoamylase from Aspergillus Awamori Var. X100 to 2.2-A Resolution 著者: Aleshin, A. / Golubev, A. / Firsov, L.M. / Honzatko, R.B. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dog.cif.gz | 119.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dog.ent.gz | 94.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dog.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/1dog ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/1dog | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: A CIS-PEPTIDE LINK EXISTS BETWEEN GLY 23 AND ALA 24. 2: RESIDUES ASN 171 AND ASN 395 ARE SITES OF N-GLYCOSYLATION. 3: RESIDUES SER 443, SER 444, THR 452, SER 453, SER 455, THR 457, SER 459, SER 460, THR 462 AND THR 464 ARE SITES OF O-GLYCOSYLATION. 4: RESIDUES PRO 46 AND PRO 123 ARE CIS PROLINES. / 5: WATERS 1200, 1201 AND 1202 WERE CO-REFINED WITH NOJ 481. |
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 50450.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aspergillus awamori (アワモリコウジカビ) 参照: UniProt: P23176, UniProt: P69327*PLUS, glucan 1,4-alpha-glucosidase |
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-糖 , 3種, 12分子
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#4: 糖 | ChemComp-MAN / |
-非ポリマー , 2種, 607分子
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | ACTIVE SITE: (SEE TABLE II OF MANUSCRIPT AND THE DISCUSSION CONCERNING THE CATALYTIC MECHANISM) ...ACTIVE SITE: (SEE TABLE II OF MANUSCRIPT |
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非ポリマーの詳細 | THERE ARE SOME CLOSE CONTACTS BETWEEN WATERS AND THE DEOXYNOJIRIMYCIN MOLECULE WHICH ARE THE RESULT ...THERE ARE SOME CLOSE CONTACTS BETWEEN WATERS AND THE DEOXYNOJIR |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.44 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 5.95 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / Num. all: 26797 / Num. obs: 20987 / Num. measured all: 52047 / Rmerge(I) obs: 0.033 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.3→10 Å / Rfactor obs: 0.119 / σ(F): 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 20387 / Rfactor obs: 0.119 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 10.02 Å2 |